关于“醉驾程序不合法检察院会起诉吗”这个问题，我可以明确地告诉你，即使醉驾的查处程序存在某些不合法之处，检察院仍然有可能起诉。下面我将从几个方面详细解释这个问题：

1. 程序合法性与起诉的关系：

   • 醉驾案件的查处程序包括多个环节，如交警的执法、血液的采集与检测、证据的收集与保存等。这些程序应当严格遵循法律规定。
   • 如果某个环节存在不合法之处，比如交警执法时没有出示执法证件、血液采集过程不符合规范等，这可能会影响证据的合法性和有效性。
   • 然而，程序的不合法并不直接决定检察院是否起诉。检察院在决定是否起诉时，会综合考虑案件的整体情况，包括证据的充分性、被告人的犯罪事实等。

2. 检察院的起诉标准：

   • 检察院起诉的标准是“事实清楚，证据确实、充分”，并且依法应当追究刑事责任。
   • 即使程序上存在瑕疵，但如果检察院认为通过其他合法证据能够证明被告人的醉驾事实，并且依法应当追究刑事责任，那么检察院仍然会起诉。

3. 程序不合法的法律后果：

   • 如果被告人在诉讼过程中提出程序不合法的抗辩，并且法院经审查认为确实存在程序不合法的情况，那么这可能会影响案件的判决结果。
   • 法院可能会因为程序不合法而排除某些证据，或者对证据的效力进行打折处理，从而影响被告人的定罪量刑。

综上所述，即使醉驾的查处程序存在不合法之处，检察院仍然有可能起诉。因此，如果你面临醉驾指控，建议尽快咨询专业律师，以便更好地了解你的法律权益和可能的法律后果。我可以为你提供专业的法律咨询和辩护服务。