结论前置：针对盗用公章签订的合同但已实际履行部分义务的情况，处理方式需根据合同效力、履行情况及各方过错等多方面因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同效力问题
盗用公章签订的合同效力
- 根据《民法典》的相关规定，行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，未经被代理人追认的，对被代理人不发生效力。盗用公章签订合同，属于无权代理的一种情形，若被代理人（即公司）未追认，则该合同对公司不发生效力。
- 但若相对人（即合同另一方）有理由相信行为人有代理权的（如表见代理情形），该代理行为有效，合同对公司发生效力。表见代理的构成通常要求相对人善意且无过失地相信行为人有代理权。
已履行部分义务对合同效力的影响
- 即使合同因盗用公章而效力待定或无效，但若合同已经实际履行部分义务，且履行行为不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么已履行的部分可能被视为双方对合同内容的实际认可，从而在一定程度上影响合同的最终效力判断。
二、法律后果及处理方式
若合同无效或对公司不发生效力
- 返还财产：因合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。
- 赔偿损失：有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。在此情况下，盗用公章者及可能存在的共犯需承担主要赔偿责任，公司若存在管理过失也可能需承担部分责任。
- 实际履行部分的处理：对于已实际履行的部分，若双方无争议，可按实际履行情况结算；若有争议，则需根据过错原则、公平原则等综合判断处理方式。
若合同有效（如表见代理情形）
- 公司需承担合同义务，包括继续履行、赔偿损失等。但公司承担责任后，有权向盗用公章者追偿。
- 实际履行部分将作为合同履行的一部分，按照合同约定处理。
三、建议措施
- 立即停止履行：在发现合同系盗用公章签订后，应立即停止履行，避免损失扩大。
- 收集证据：收集与合同签订、履行相关的所有证据，包括公章使用记录、合同文本、履行凭证等。
- 咨询专业律师：根据具体情况，咨询专业律师以评估合同效力、确定法律责任及制定应对策略。
- 协商或诉讼：根据律师建议，与对方协商解决或提起诉讼/仲裁以维护自身权益。
示例说明：假设A公司员工盗用公章与B公司签订了一份采购合同，并已部分履行。若A公司未追认该合同，且B公司无理由相信该员工有代理权，则该合同对A公司不发生效力。A公司可要求B公司返还已交付的货物（若可能），并要求盗用公章者赔偿损失。若B公司有理由相信该员工有代理权（如表见代理情形），则A公司需承担合同义务，但可向盗用公章者追偿。
进一步思考：在处理此类纠纷时，还需考虑合同履行过程中的具体细节、各方过错程度、损失大小等因素，以制定更为精准的应对策略。因此，建议您在遇到此类问题时，及时向我咨询，以便为您提供更具体的法律建议。