对于在逃期间怀孕并自首的犯罪嫌疑人，司法机关会依据相关法律法规，结合自首情节、怀孕状态以及犯罪情节的严重程度等多方面因素，进行依法且人性化的处理。以下是对此情况的详细解答：

一、自首情节的认定与法律后果

首先，根据《中华人民共和国刑法》第六十七条，犯罪嫌疑人如果主动投案并如实供述自己的罪行，即构成自首。自首是法律鼓励的行为，对于自首的犯罪分子，司法机关在量刑时会考虑从轻或减轻处罚，甚至在犯罪较轻的情况下，可以免除处罚。这一规定旨在鼓励犯罪嫌疑人主动接受法律制裁，减少社会危害。

二、怀孕妇女的特殊法律保护

1. 强制措施的选择：

   • 考虑到怀孕妇女的特殊生理状态，司法机关在采取强制措施时会特别谨慎。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，如果怀孕妇女采取取保候审不致发生社会危险性，可以对其取保候审。同时，如果符合监视居住条件，也可以采取监视居住措施。这些措施旨在保障孕妇的身体健康和胎儿的安全。

2. 审判及刑罚执行的特殊规定：

   • 在审判阶段，如果怀孕妇女被判处有期徒刑或拘役，根据《刑事诉讼法》第二百六十五条，可以暂予监外执行。此外，根据《中华人民共和国刑法》第四十九条，审判时怀孕的妇女不适用死刑，这包括死刑立即执行和死刑缓期执行，充分体现了法律对怀孕妇女和胎儿生命权的保护。

三、综合处理与具体结果

在处理此类案件时，司法机关会综合考虑多个因素，包括自首情节的认定、怀孕状态、犯罪情节的严重程度以及社会危害性等。具体处理结果会根据这些因素的综合评估来决定：

• 如果犯罪行为相对较轻，且自首情节被明确认定，司法机关可能会对其采取取保候审等较为轻缓的强制措施，并在量刑时给予从轻或减轻处罚。
• 如果犯罪行为严重，或者存在其他需要继续侦查的情况，即使犯罪嫌疑人自首且怀孕，也可能无法立即获得释放。但司法机关会确保在整个刑事诉讼过程中，依法保障其合法权益，如提供必要的医疗条件、确保其不受虐待等。

总结：

对于在逃期间怀孕并自首的犯罪嫌疑人，司法机关会依法进行从宽处理，并充分考虑其怀孕状态给予特殊保护。然而，具体处理结果仍需根据案件的实际情况进行综合判断。这既体现了法律的公正性和权威性，也体现了法律对人性关怀的重视。如果您或您身边的人遇到此类情况，建议及时咨询专业律师，以获取更具体的法律帮助。