自然资源厅在注销矿权时，确实有义务通告该矿业公司。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

法律义务角度

根据《中华人民共和国矿产资源法》及其相关实施细则，以及《矿产资源开采登记管理办法》等法律法规，自然资源厅（或原国土资源部门）在注销矿业权时，应当遵循法定程序，这通常包括通知矿业权人（即矿业公司）并告知其注销的原因、依据和后果。这是为了保障矿业权人的合法权益，确保其在矿权被注销前有机会进行陈述、申辩或采取其他法律措施。

程序正当性角度

从程序正当性的角度来看，任何行政机关在作出影响公民、法人或其他组织合法权益的行政行为时，都应当遵循正当程序原则。这包括事先告知、听取陈述申辩、说明理由等程序要求。自然资源厅在注销矿权时，如果不通知矿业公司，就剥夺了其应有的程序权利，可能构成程序违法。

实际案例与司法实践

在实际案例中，如果自然资源厅未依法通知矿业公司而直接注销其矿权，矿业公司有权通过行政复议或行政诉讼等途径寻求救济。司法实践中，法院通常会审查行政机关是否履行了法定通知义务，以及是否保障了矿业权人的程序权利。如果行政机关未履行这些义务，法院可能会判决撤销或变更其行政行为。

法律建议

1. 矿业公司角度：如果矿业公司收到自然资源厅关于注销矿权的通知，应当及时审查通知内容，了解注销的原因和依据。如果认为注销行为违法或不当，可以依法提出陈述、申辩或申请行政复议、提起行政诉讼等法律措施来维护自己的合法权益。

2. 自然资源厅角度：自然资源厅在注销矿权时，应当严格遵守法律法规规定的程序要求，确保通知矿业公司并告知其相关权利和义务。这不仅可以避免程序违法带来的法律风险，也有助于维护良好的行政秩序和法治环境。

综上所述，自然资源厅在注销矿权时，有义务通告该矿业公司。这是保障矿业权人合法权益、维护程序正当性和法治秩序的必要要求。如果矿业公司对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。