结论：非法占用农用地被行政处罚后，在后续的刑事追责中，已行政处罚过的面积通常不会直接扣减，但会作为量刑情节考虑。以下从法律原理、司法实践及具体处理方式三个角度进行详细分析：
一、法律原理层面
行政处罚与刑事处罚的独立性：
- 行政处罚与刑事处罚是两种性质不同的法律责任，分别由行政机关和司法机关依据不同的法律程序和标准进行认定和处罚。
- 行政处罚主要针对违法行为的社会危害性较轻的情形，而刑事处罚则针对违法行为的社会危害性严重，构成犯罪的情形。
一事不再罚原则的适用：
- 一事不再罚原则主要适用于同一违法行为在同一法律体系内（如行政法体系内）的重复处罚问题。
- 在非法占用农用地的情况下，行政处罚与刑事处罚分属不同的法律体系，因此不直接适用一事不再罚原则来扣减已处罚的面积。
二、司法实践层面
刑事追责的独立性：
- 非法占用农用地构成犯罪的，司法机关将依法独立进行刑事追责，不受之前行政处罚的影响。
- 刑事追责的焦点在于违法行为的犯罪构成要件是否满足，以及犯罪情节的严重程度，而非是否已受过行政处罚。
量刑情节的考虑：
- 虽然已行政处罚过的面积不会直接扣减，但在刑事量刑时，司法机关会综合考虑被告人的认罪态度、悔罪表现、社会危害程度以及是否已受过行政处罚等因素。
- 如果被告人已因非法占用农用地行为受过行政处罚，且能够积极配合司法机关的调查和审判，表现出悔罪态度，那么在量刑时可能会酌情从轻处罚。
三、具体处理方式
行政处罚与刑事处罚的衔接：
- 在非法占用农用地案件中，行政机关在发现违法行为可能构成犯罪时，应及时将案件移送司法机关处理。
- 司法机关在受理案件后，将依法进行独立审查，并作出相应的刑事判决。
面积计算的独立性：
- 在行政处罚和刑事追责中，非法占用的农用地面积是分别计算的。行政处罚时依据的是行政法规规定的面积标准，而刑事追责时则依据的是刑法规定的犯罪构成要件中的面积标准。
- 两者之间不存在直接的扣减关系，但司法机关在量刑时会综合考虑各种因素，包括已行政处罚过的面积所反映出的社会危害程度。
建议：如果您或他人涉及非法占用农用地被行政处罚后又被刑事追责的情况，建议及时咨询专业律师，以便更准确地了解案件的法律性质、可能面临的法律后果以及应对策略。作为专业律师，我擅长处理房产纠纷、行政纠纷、合同纠纷、刑事辩护及交通事故等领域的法律问题，欢迎直接向我咨询。