在非法侵占农用地案中，刑事不予起诉后，行政机关仍然可以对个人进行行政处罚。具体分析如下：

1. 刑事不予起诉与行政处罚的独立性
   刑事不予起诉仅表明行为人的行为未达到刑事追诉标准或存在法定不起诉情形（如情节轻微、证据不足等），但并不否定其行为的行政违法性。根据《行政处罚法》第二十七条，违法行为构成犯罪的，行政机关需将案件移送司法机关；若司法机关不予追究刑事责任，行政机关仍可依据查明的事实和证据，对违法行为人作出行政处罚。

2. 法律衔接的依据

   • 《行政处罚法》第三十五条：明确规定“违法行为构成犯罪，人民法院判处拘役或者有期徒刑时，行政机关已经给予当事人行政拘留的，应当依法折抵相应刑期；违法行为构成犯罪，人民法院判处罚金时，行政机关已经给予当事人罚款的，应当折抵相应罚金。行政机关尚未给予当事人罚款的，不再给予罚款。”
     该条款反向印证了刑事程序与行政处罚的独立性——若刑事程序未启动或未处罚，行政机关仍有权处罚。
     
   • 《土地管理法》第七十五条：针对非法占用农用地的行为，规定“由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任”。
     这表明行政处罚与刑事处罚是并行关系，刑事责任不免除行政责任。

3. 实务中的操作逻辑
   行政机关在收到检察机关不予起诉决定后，会重新审查案件事实是否符合行政处罚条件（如侵占面积、是否恢复土地原状等）。若符合，将依法作出行政处罚决定，常见处罚包括：

   • 责令退还非法占用的土地；
     
   • 限期拆除或治理非法占用的土地；
     
   • 罚款（按非法占用土地面积计算，如每平方米100元以下）。

4. 例外情形
   若刑事不予起诉是基于“行为不构成犯罪”（如主观无故意、客观未达立案标准），且行政机关此前已对同一行为作出行政处罚，则需避免“一事再罚”；但若刑事程序未涉及行政处罚（如检察机关仅因证据不足不起诉），行政机关仍可启动处罚程序。

建议：若您或他人涉及此类案件，需结合具体情节（如侵占目的、土地性质、是否恢复等）评估行政处罚风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合案情提供详细分析。