结论前置：当因政府行为导致经营停止时，合同是否继续生效需根据政府行为的性质、合同的具体条款以及相关法律法规来综合判断。若政府行为构成不可抗力或符合行政许可变更撤回情形，合同可能部分或全部免除责任，并有权要求补偿或赔偿；否则，合同应继续履行或按约定承担相应责任。
一、政府行为的性质与对合同的影响
合法的行政行为：
- 政府为公共利益依法实施的行政行为，如城市规划调整、土地征收等，可能导致合同无法履行。此类行为虽具有合法性和正当性，但仍可能对合同当事人的权益产生影响。
- 例子：在城市轨道交通建设中，政府征收商业用地导致商场租赁合同无法履行，此时政府需给予合理补偿，合同可能因此部分或全部终止。
违法的行政行为：
- 政府行为若违反法律法规，如违法行政处罚，则属于违法行为，会影响合同的正常履行。
- 后果：当事人有权要求恢复原状（如可能）、赔偿损失，包括直接和间接损失。
是否构成不可抗力：
- 若政府行为具有不可预见性、不可避免性和不可克服性，且直接导致合同无法履行，则通常认定为不可抗力。根据《中华人民共和国民法典》第五百九十条，当事人一方因不可抗力不能履行合同的，根据不可抗力的影响，部分或者全部免除责任。
- 例子：疫情防控措施导致企业无法按时履行合同，可主张免责。
- 例外：若政府行为仅对合同履行造成一定影响，而非根本性阻碍，则一般不构成不可抗力。
行政许可的变更与撤回：
- 根据《中华人民共和国行政许可法》第八条，行政机关可以依法变更或者撤回已经生效的行政许可，但需给予公民、法人或其他组织合理补偿。
- 例子：因环保要求提高，政府撤回某企业的排污许可，导致企业无法继续经营，此时政府应给予合理补偿。
二、法律后果与责任承担
免责事由：
- 因不可抗力不能履行合同的，可根据影响部分或全部免除责任。但需及时通知对方，以减轻可能给对方造成的损失，并在合理期限内提供证明。
补偿或赔偿：
- 合法政府行为导致损失，当事人有权获得合理补偿。
- 违法政府行为导致损失，当事人可要求赔偿，包括直接和间接损失。
违约责任：
- 即使政府行为构成不可抗力，违约方仍需按法律规定或合同约定履行通知、提供证明等义务。
- 合同中若明确约定政府行为不属于不可抗力或对解除合同有特殊规定，应按合同约定执行。
三、应对措施与建议
协商与沟通：
- 与政府相关部门协商，了解行为原因和依据，寻求解决方案，如过渡期限、优惠政策等。
收集证据：
- 收集政府文件、公告、新闻报道等证据，以证明政府行为及其影响，为后续维权提供依据。
法律救济：
- 针对行政行为的合法性问题，可通过行政复议或行政诉讼解决。
- 因政府行为导致的合同纠纷，可通过民事诉讼要求对方承担违约责任或赔偿损失。
总结：因政府行为导致经营停止时，合同是否继续生效需综合判断。建议当事人及时与政府沟通、收集证据，并根据具体情况选择合适的法律救济途径。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。