当转租合同被认定无效后，关于占有使用费的计算，这通常涉及到多个法律考量因素和计算原则。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据
《中华人民共和国民法典》第一百五十七条：此条款规定，合同无效后，行为人因该行为取得的财产应予以返还；不能返还或无需返还的，应折价补偿。在房屋租赁的情境中，承租人因占用房屋而获得的利益，需以费用形式返还给出租人，这构成了房屋使用费的法律基础。
《最高人民法院关于审理城镇房屋租赁合同纠纷案件具体应用法律若干问题的解释》第四条：该条款明确指出，房屋租赁合同无效时，当事人可以请求参照合同约定的租金标准来支付房屋占有使用费。如果合同中没有约定或者约定不明确，那么法院将结合实际情况来确定费用标准。
二、房屋使用费的计算原则
参考合同约定租金：
- 如果原转租合同中明确约定了租金标准，那么通常以此作为计算使用费的基准。例如，如果合同约定每月租金为3000元，承租人实际占用了房屋6个月，那么就需要按照每月3000元的标准支付共计18,000元的使用费。
- 但需要注意的是，如果租金标准明显偏离了市场价值（无论是过高还是过低），法院可能会根据实际情况进行调整。
考虑房屋实际使用情况：
- 占用时间：使用费应按照承租人实际占用房屋的天数或月数来计算。例如，如果承租人仅占用了房屋15天，那么可以按照日租金（月租金除以30天）来折算使用费。
- 房屋状况：如果房屋存在严重质量问题，如漏水、结构隐患等，影响了承租人的正常使用，那么法院可能会酌情减少使用费。
过错责任分配：
- 如果双方对合同无效均有过错，那么法院会根据各自的过错程度来分担使用费。例如，如果出租人明知房屋没有产权证仍然出租，而承租人也没有尽到审查义务，那么法院可能会判定双方各承担50%的责任。
- 如果是一方过错导致合同无效，那么由过错方全额承担使用费。例如，如果出租人故意隐瞒房屋违建的事实导致合同无效，那么承租人就无需支付使用费。
市场价值参考：
- 当合同中没有约定租金或者约定不明确时，法院会参考同地段同类房屋的市场租赁价格来确定使用费标准。这可以通过评估机构的报告或者周边类似房源的租金来确定。
三、特殊情形处理
装修投入与残值抵扣：
- 如果承租人对房屋进行了合法装修，并且这些装修无法拆除或者拆除会损害房屋价值，那么承租人可以主张装修残值来抵扣部分使用费。例如，如果装修花费了10万元，剩余使用年限为5年，那么每年可以抵扣2万元。
房屋空置损失赔偿：
- 如果承租人提前退租导致房屋空置，出租人可以要求承租人赔偿空置期的损失。但是，出租人需要提供证据来证明实际损失，比如另行出租的合理期限等。
恶意占用的惩罚性措施：
- 如果承租人明知合同无效仍然长期占用房屋并且拒不搬离，那么法院可能会支持高于市场租金的使用费标准，甚至追究承租人的侵权责任。
四、实务建议
出租人：在出租房屋前，应确保房屋的权属清晰、符合规划用途，并且具备合法的出租条件，以避免因自身原因导致合同无效。
承租人：在签订转租合同前，应仔细核实房屋的合法性，包括产权证、规划用途等，并保留好支付凭证等证据，以备在发生争议时使用。
纠纷处理：如果双方无法就使用费达成一致意见，可以通过协商、调解或者诉讼等方式来解决纠纷。在诉讼过程中，应注意收集房屋交付、占用时长、装修投入等相关证据来支持自己的主张。