结论前置：在厂房租赁合同中，若合同期限为三年，但租户仅租用两年后便提前退租，这通常构成违约行为。违约金的数额则需根据合同中的具体约定以及实际损失情况来确定。
一、合同约定的违约金
明确约定违约金数额：
- 如果厂房租赁合同中明确规定了提前退租时应支付的违约金具体数额，例如“违约方需支付XX万元违约金”，则应按照合同约定执行。
约定违约金计算方法：
- 若合同中约定了违约金的计算方法，如“按照未履行租期租金总额的一定比例计算”，则需根据该比例和未履行租期的租金总额来计算违约金。例如，未履行租期租金总额为30万元，约定比例为20%，则违约金为6万元。
法律对违约金的调整：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，若违约金过分高于造成的损失（一般认为超过损失的30%），违约方可请求法院或仲裁机构适当减少。例如，实际损失为10万元，而违约金约定为20万元，则可申请减少。
- 若违约金低于造成的损失，守约方可请求法院或仲裁机构增加。例如，实际损失为8万元，但违约金仅为3万元，则可申请增加。
二、无约定违约金的情况
- 若合同中没有约定违约金，违约方需赔偿守约方因此遭受的实际损失。实际损失包括直接损失（如空置租金损失、装修剩余价值损失）和间接损失（需严格证明与违约行为有因果关系的商业合作机会损失等）。
三、违约金确定的参考因素
预期损失：
- 综合考虑因违约导致的直接和间接经济损失，包括但不限于空置期租金损失、重新招租成本、装修投入损失等。
租赁期限和租金水平：
- 较长的租赁期限和较高的租金水平通常意味着更高的违约成本，因此违约金可能相应较高。
行业惯例和市场情况：
- 可参考当地或行业内的违约金惯例或标准，但需注意，这些惯例或标准并非绝对，仍需结合合同约定和实际损失来确定违约金数额。
四、具体建议
查阅合同条款：
- 首先，应仔细查阅厂房租赁合同中的违约责任条款，了解违约金的具体约定或计算方法。
与出租方协商：
- 在了解合同约定后，可与出租方进行协商，尝试达成一致意见，以减少潜在纠纷。在协商过程中，可提出合理的违约金数额或计算方法，并寻求出租方的认可。
评估实际损失：
- 若合同中没有约定违约金或约定不明确，则需评估因提前退租给出租方造成的实际损失，并据此确定违约金数额。在此过程中，可寻求专业评估机构的帮助，以确保评估结果的客观性和准确性。
法律途径：
- 若协商无果且认为违约金过高或过低，可依法向法院或仲裁机构申请调整违约金数额。在此过程中，需提供充分的证据证明自己的主张，并遵循法律程序进行维权。
示例说明：假设厂房月租金为5万元，合同签3年，租户租用2年后欲提前退租。若合同中约定违约金为剩余租期租金总额的20%，则违约金计算如下：
- 剩余租期：1年（12个月）
- 剩余租期租金总额：5万元/月 × 12月 = 60万元
- 违约金：60万元 × 20% = 12万元
若合同中没有约定违约金，则需评估因提前退租给出租方造成的实际损失，如空置期损失、重新招租成本等，并据此确定违约金数额。
最后，在处理此类纠纷时，建议租户和出租方都保持冷静和理性，通过协商或法律途径来解决问题。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。