在民事案件二审终审判决后申请了强制执行，对方另行起诉的，一般情况下，原判决并不自动停止执行，执行程序仍可继续进行，但存在特殊情况时可能会中止执行。以下是对此问题的详细分析：
一、二审终审判决的效力与执行
二审终审判决的效力：
- 二审判决是终审判决，自作出之日起即发生法律效力，具有强制执行力。当事人必须履行判决所确定的义务。
强制执行的申请：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，申请强制执行的期限为判决生效二年内。若败诉方未自动履行判决义务，胜诉方有权在此期间内向人民法院申请强制执行。
二、对方另行起诉对执行的影响
一般原则：
- 上诉并不自动停止原判决的执行。除非有特殊情况或者法院根据当事人的申请或依职权裁定中止执行，否则二审判决在上诉期间仍然是有效的，并且应当被执行。
特殊情况下的中止执行：
- 涉及重大利益或可能产生不可逆的法律后果：如案件涉及重大利益或可能产生不可逆的法律后果，法院可能会考虑中止执行。但这需要当事人提供充分的理由和证据来支持申请。
- 提供担保：在某些特定情形下，即使当事人提起了上诉，如果被申请人提供担保，法院可以根据具体情况决定是否停止执行。这是为了平衡双方当事人的利益，确保胜诉方的合法权益在案件审理过程中得到一定程度的保障。
三、实际操作中的考虑
败诉方的行动：
- 如果败诉方在二审后选择上诉，并且希望中止执行程序，应尽快向法院提出申请，并附上充分的理由和证据。
法院的审查：
- 法院在收到申请后，会进行审查，并根据案件的具体情况和法律规定来决定是否中止执行。法院会综合考虑多种因素，如案件的性质、当事人的利益、执行的可能后果等。
胜诉方的策略：
- 胜诉方在申请强制执行后应密切关注案件的进展，并了解可能的法律后果和应对策略。如果对方提出了中止执行的申请，胜诉方可以积极应诉，提供相反的证据和理由来反对中止执行。
四、法律依据
- 《中华人民共和国民事诉讼法》第二百四十六条：发生法律效力的民事判决、裁定，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行。
- 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第四百六十二条（虽未直接涉及中止执行，但明确了执行法院的确定原则，间接支持了执行程序的继续性）：根据民事诉讼法相关规定，案外人对执行标的提出异议的，应当在该执行标的执行程序终结前提出。这暗示了执行程序在一般情况下是继续进行的，除非有法定事由中止。
总结来说，在民事案件二审终审判决后申请了强制执行，对方另行起诉的，执行程序是否继续将取决于具体的法律程序和案件性质。如果无特殊情况或法院未裁定中止执行，执行程序将继续进行。因此，当事人在面临此类情况时，应及时向我咨询，了解自己的权利和义务，以便采取适当的法律行动来维护自身权益。