结论：单位的纪检部门是否会包庇，不能一概而论，这取决于多种因素，包括纪检部门的独立性、监督机制的有效性以及具体案件的情况等。以下从多个角度进行分析：
纪检部门的独立性与职责：
- 纪检部门作为单位内部监督机构，其核心职责是监督单位内部人员的行为，确保遵守党纪国法，维护单位内部的公正和廉洁。
- 一个独立且职责明确的纪检部门，通常会秉持公正、客观的原则处理案件，不会轻易包庇违规行为。
监督机制的有效性：
- 有效的监督机制是防止纪检部门包庇的重要保障。这包括上级纪检部门的监督、群众举报渠道的畅通以及内部监督机制的完善等。
- 如果监督机制健全且有效运行，纪检部门在处理案件时会受到多方面的制约和监督，从而降低包庇的可能性。
具体案件的情况：
- 每个案件都有其独特的情况和背景，纪检部门在处理时需要根据具体情况进行判断和决策。
- 在某些复杂或敏感的案件中，纪检部门可能会面临更大的压力和挑战，但这并不意味着他们会选择包庇。相反，他们可能会更加谨慎和公正地处理案件，以维护单位的声誉和公信力。
法律后果与责任：
- 如果纪检部门存在包庇行为，不仅违反了其职责和道德准则，还可能触犯法律，面临法律责任。
- 根据相关法律法规，纪检部门及其工作人员在履行职责过程中如有违法违纪行为，将受到相应的纪律处分或法律制裁。
法律建议：
- 如果您认为单位的纪检部门存在包庇行为，可以通过合法途径进行举报和投诉，如向上级纪检部门反映情况或向相关部门提供线索。
- 在举报和投诉时，请确保提供充分的证据和事实依据，以便相关部门能够进行调查和处理。
- 同时，您也可以咨询专业律师，了解您的法律权益和可能的法律途径，以便更好地维护自己的合法权益。
进一步思考：
- 单位内部监督机制的完善和有效性对于防止纪检部门包庇至关重要。因此，单位应加强对纪检部门的监督和管理，确保其能够独立、公正地履行职责。
- 员工也应增强法律意识和监督意识，积极参与单位内部的监督工作，共同维护单位的公正和廉洁。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为您提供专业的法律服务。