村委会在未征得耕者同意的情况下，一般不可以擅自开挖水沟，但存在例外情形。具体分析如下：
根据《中华人民共和国民法典》第二百八十八条，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。农民对其承包的耕地享有合法的土地承包经营权，受法律保护。村委会若需在耕地上开挖水沟，涉及对土地的占用、使用，可能影响耕者的正常生产经营活动，因此原则上应征得耕者同意。若未经同意擅自开挖，可能构成对耕者土地承包经营权的侵害，耕者有权要求村委会停止侵害、恢复原状或赔偿损失。
若开挖水沟系因紧急情况（如防洪、排涝等）或为了公共利益（如灌溉系统改造、农田水利设施建设等），且无法及时征得耕者同意的，村委会可能依据《民法典》第一百八十二条关于紧急避险的规定，或依据相关法律法规关于公共利益优先的规定，先行实施开挖行为。但即便如此，村委会也应在事后及时与耕者沟通，说明情况，并就补偿事宜达成一致。若因开挖行为给耕者造成损失的，村委会仍应承担相应的赔偿责任。
此外，村委会若需在耕地上进行开挖水沟等建设活动，还应依法履行相关的审批手续。根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，涉及土地用途变更、土地占用等行为的，需经相关部门批准。未经批准擅自开挖的，可能面临行政处罚，甚至构成非法占用农用地罪等刑事犯罪。
建议：村委会在开挖水沟前，应充分与耕者沟通，征得其同意，并依法履行审批手续。若因公共利益需要无法及时征得同意的，也应在事后及时补办手续并协商补偿事宜。耕者若发现村委会擅自开挖水沟的，可依法维护自身权益。如有具体法律问题，可直接向我咨询。