若检察院公诉指控的诈骗金额低于法院最终查明的金额，法院会以查明的更高金额作为定罪量刑的依据。具体分析如下：

1. 法院独立审判原则
   根据我国《刑事诉讼法》第十二条及第五十五条，法院需独立行使审判权，对案件事实和证据进行全面审查。若法院通过庭审调查、证据补强（如被害人陈述、银行流水、电子数据等）认定实际诈骗金额高于检察院指控金额，可直接以查明的金额定罪量刑，无需受起诉书限制。例如，检察院指控诈骗10万元，但法院结合多笔未被指控的转账记录，最终认定诈骗金额为50万元，则应以50万元为准。

2. 检察院的补充起诉与变更起诉权
   若法院在审理中发现指控金额明显低于实际金额，可依据《人民检察院刑事诉讼规则》第四百二十三条，建议检察院补充起诉或变更起诉。检察院需在收到建议后15日内决定是否调整指控内容。若检察院拒绝补充，法院仍可依据查明事实直接判决，但需在判决书中说明理由。例如，法院发现被告人另有30万元诈骗事实未被指控，可建议检察院追加起诉；若检察院未追加，法院仍可对全部50万元作出判决。

3. 对被告人的量刑影响
   诈骗金额是量刑的核心依据。根据《刑法》第二百六十六条及司法解释，诈骗金额达到“数额特别巨大”（通常为50万元以上）的，量刑起点为十年以上有期徒刑或无期徒刑。若法院查明的金额使案件从“数额巨大”（3万至50万元）升格为“数额特别巨大”，被告人将面临更重的刑罚。例如，原指控金额为40万元（数额巨大，量刑3-10年），法院查明为60万元（数额特别巨大），则量刑可能升至10年以上。

4. 被告人的辩护空间
   被告人可从以下角度辩护：

• 证据合法性：质疑法院查明的金额证据（如转账记录、被害人陈述）的真实性、关联性或合法性，例如主张部分转账为借款而非诈骗；
  
• 金额计算方式：主张部分金额不应计入诈骗总额（如已归还部分、重复计算部分）；
  
• 程序合法性：若法院未依法通知检察院补充起诉，可主张程序违法，要求发回重审。
  

建议：若您或家属涉及此类案件，需重点关注法院查明的金额证据是否充分、程序是否合法，并及时委托律师介入，通过阅卷、质证、辩论等方式维护合法权益。如有具体案件细节，可直接向我咨询，我将结合证据和法律为您详细分析。