企业不能仅以未付款的增值税发票作为起诉立案的直接依据，但可以作为证据之一辅助证明合同关系及交易事实。以下从不同角度进行分析：

1. 增值税发票的法律性质
   增值税发票是税务机关管理税收的凭证，主要功能是证明交易双方存在应税行为及税额计算依据。根据《增值税暂行条例》及《发票管理办法》，发票本身不直接等同于合同履行或付款义务的证明，其证明力需结合其他证据综合判断。例如，若发票开具时间、金额与合同约定一致，可辅助证明交易真实性；但若存在虚开发票、票货分离等情形，则发票的证明力会被削弱。

2. 起诉立案的证据要求
   根据《民事诉讼法》第122条，起诉需满足“有明确的被告、具体的诉讼请求和事实、理由”。其中，“事实、理由”需提供初步证据证明合同关系成立及对方违约。仅凭未付款的增值税发票，无法直接证明：

   • 双方是否签订书面合同（若未签订，需通过其他证据如聊天记录、送货单等证明口头约定）；
     
   • 发票对应的货物或服务是否已实际交付（需提供送货单、验收单等）；
     
   • 对方未付款是否构成违约（需证明付款期限已届满且无合法抗辩事由）。
     

3. 实务中的操作建议

   • 补充证据链：若企业仅持有未付款的增值税发票，需尽快收集合同、送货单、对账单、沟通记录等证据，形成完整证据链，以证明交易真实性及对方违约事实。
     
   • 分情况处理：
     
     • 若合同明确约定“先票后款”，且发票已开具但对方未付款，可结合合同条款主张权利；
       
     • 若合同未约定付款与开票顺序，需证明货物或服务已交付且付款条件已成就（如验收合格、对账确认等）。
       
   • 风险提示：若发票存在瑕疵（如抬头错误、金额不符、未实际交付货物等），可能被对方抗辩为“虚开发票”或“非真实交易”，导致败诉风险。

总结：增值税发票是重要证据，但需与其他证据结合使用。企业若仅以未付款发票起诉，可能因证据不足被法院驳回；建议补充完善证据后，再行主张权利。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供针对性建议。