在确认劳动关系的仲裁中，通常是对全部劳动关系进行确认，而非仅限于仲裁时效内的部分，但需注意仲裁时效对基于劳动关系产生的其他权利主张的影响。以下是对这一问题的详细分析：
一、确认劳动关系的仲裁时效基本规定
一般原则：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。然而，这一规定主要针对的是具体的劳动争议事项，如工资、福利等权益的争议，而非单纯确认劳动关系的争议。
确认劳动关系的特殊性：确认劳动关系本质上是对劳动者与用人单位之间是否存在劳动关系这一事实状态的确认，它更多涉及的是法律事实的认定，而非直接的权利义务纠纷。因此，确认劳动关系本身通常不受一年仲裁时效的限制。这一点在司法实践中也得到了广泛认可，即劳动者有权在任何时候申请确认其与用人单位之间的劳动关系，无论该劳动关系是否已经终止或存在多久。
二、仲裁时效对基于劳动关系产生的其他权利主张的影响
具体权益争议的时效限制：虽然确认劳动关系本身不受时效限制，但如果劳动者是基于劳动关系去主张其他具体权利（如工资、加班费、经济补偿等），则必须严格遵守一年的仲裁时效规定。这意味着，如果劳动者在劳动关系终止后超过一年才提出这些具体权益的仲裁申请，可能会因超过时效而被驳回。
时效中断与中止的情形：在仲裁时效期间内，如果发生特定情形（如劳动者向用人单位主张权利、向有关部门请求权利救济、用人单位同意履行义务等），仲裁时效可以中断并重新计算。此外，如果因不可抗力或其他正当理由导致劳动者无法在时效内申请仲裁，仲裁时效可以中止，并在中止原因消除后继续计算。
三、实际操作中的建议
及时确认劳动关系：为了保护自己的合法权益，劳动者在发现用人单位否认与其存在劳动关系时，应及时向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，以确认劳动关系。这一行为不受一年仲裁时效的限制。
注意具体权益的时效限制：如果劳动者在确认劳动关系的同时或之后，还打算主张其他具体权益（如工资、加班费等），则必须注意这些权益的仲裁时效限制。确保在一年内提出仲裁申请，以免因超过时效而丧失维权机会。
咨询专业律师：在处理劳动争议时，由于涉及复杂的法律问题和程序规定，建议劳动者及时咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。作为专业律师，我可以为你提供全面的法律咨询和代理服务，确保你的权益得到有效保护。
综上所述，确认劳动关系的仲裁通常是对全部劳动关系进行确认，不受一年仲裁时效的限制。但劳动者在主张基于劳动关系产生的其他具体权益时，必须注意仲裁时效的限制，并在必要时及时咨询专业律师以获取帮助。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。