公司在仲裁期间减资是否合法，需分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：

一、合法减资的情况

如果公司在仲裁期间减资，但减资程序完全符合《公司法》等相关法律法规的规定，且减资行为本身并未损害债权人的合法权益，那么这种减资行为是合法的。具体来说，合法减资需要满足以下条件：

1. 编制资产负债表及财产清单：公司应当自作出减少注册资本决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
2. 履行通知和公告义务：公司减资时，必须按照法定程序通知债权人，并在报纸上公告，以确保债权人的知情权。
3. 不损害债权人利益：减资过程中，公司应确保债权人的利益不受损害。如果减资导致公司偿债能力下降，公司应提前清偿债务或提供相应担保。

举例说明：假设某公司在仲裁期间因业务调整需要减资，公司按照《公司法》的规定，编制了资产负债表及财产清单，通知了所有债权人，并在报纸上进行了公告。同时，公司还与债权人协商，提前清偿了部分债务或提供了相应担保。这种情况下，公司的减资行为就是合法的。

二、非法减资的情况

如果公司在仲裁期间减资，但减资程序存在瑕疵，或者减资行为损害了债权人的合法权益，那么这种减资行为就是非法的。具体来说，非法减资可能包括以下情形：

1. 未履行通知和公告义务：公司减资时未按照法定程序通知债权人，或未在报纸上公告，导致债权人无法及时行使权利。
2. 损害债权人利益：减资导致公司偿债能力下降，且公司未提前清偿债务或提供相应担保，损害了债权人的合法权益。
3. 恶意减资以逃避债务：公司为了逃避仲裁裁决或债务，故意进行减资，这种行为显然是非法的。

举例说明：假设某公司在仲裁期间，为了逃避即将到来的不利裁决，故意进行减资，且未通知债权人或未在报纸上公告。同时，减资后公司的偿债能力大幅下降，导致债权人无法收回债权。这种情况下，公司的减资行为就是非法的。

三、法律后果与建议

1. 法律后果：如果公司的减资行为被认定为非法，那么公司可能需要承担相应的法律责任。例如，债权人可以要求公司恢复原状（即增加注册资本至减资前的水平），或者要求公司赔偿因其减资行为而遭受的损失。此外，如果公司的减资行为涉嫌恶意逃避债务，还可能面临行政处罚或刑事责任。
2. 建议：对于公司而言，在仲裁期间进行减资需要格外谨慎。建议公司在减资前咨询专业律师，确保减资程序合法合规，并充分评估减资对债权人利益的影响。如果可能的话，公司可以与债权人协商，提前清偿债务或提供相应担保，以降低法律风险。

总结来说，公司在仲裁期间减资是否合法，取决于减资程序是否合法合规以及是否损害了债权人的合法权益。如果你或你所在的公司面临类似问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。