结论：当两个被告中有一个已经注销时，起诉的方式会因注销主体的性质（自然人或法人/其他组织）以及注销后的法律状态而有所不同。以下是从不同角度给出的详细解答：
一、若注销主体为自然人
自然人死亡后的诉讼主体问题：
- 法律背景：根据《民事诉讼法》及相关司法解释，自然人死亡后，其民事权利能力终止，不再具备诉讼主体资格。因此，若其中一个被告为自然人且已死亡，通常不能直接以该自然人作为被告进行起诉。
- 诉讼策略：
- 若该自然人生前有遗产，且案件涉及遗产的继承或管理，可以将其继承人（如配偶、子女、父母等）列为被告，要求其在继承遗产的范围内承担责任。
- 若案件与遗产无关，但涉及该自然人生前的债务或其他民事责任，且该责任不因其死亡而消灭（如侵权责任），则可能需要考虑其他法律途径，如申请宣告该自然人无民事行为能力或限制民事行为能力（若适用），或依据相关法律规定追究其他相关责任人的责任。
实际操作建议：
- 在起诉前，应尽可能收集该自然人的死亡证明、继承人信息等相关证据。
- 咨询专业律师，以确定最合适的诉讼策略和被告选择。
二、若注销主体为法人或其他组织
法人或其他组织注销后的诉讼主体问题：
- 法律背景：法人或其他组织注销后，其法人资格终止，不再具备诉讼主体资格。但根据《公司法》及相关司法解释，若法人或其他组织在注销前存在未了结的债务或民事责任，其股东、发起人或清算义务人可能需承担相应责任。
- 诉讼策略：
- 若该法人或其他组织在注销前未依法进行清算，或清算过程中存在违法行为（如隐匿财产、虚假清算等），可以将其股东、发起人或清算义务人列为被告，要求其承担清算责任或赔偿责任。
- 若该法人或其他组织在注销前已依法进行清算，且清算报告显示无剩余财产或剩余财产不足以清偿债务，则可能需要考虑其他法律途径，如申请破产清算（若符合破产条件）或依据相关法律规定追究其他相关责任人的责任。
实际操作建议：
- 在起诉前，应尽可能收集该法人或其他组织的注销证明、清算报告、股东信息等相关证据。
- 咨询专业律师，以确定最合适的诉讼策略和被告选择，并了解可能面临的法律风险和后果。
三、综合建议
- 证据收集：无论注销主体是自然人还是法人或其他组织，在起诉前都应尽可能收集相关证据，以证明被告的身份、注销事实、责任承担等关键信息。
- 法律咨询：由于涉及复杂的法律关系和诉讼策略选择，建议咨询专业律师以获取更具体、更专业的法律建议。
- 诉讼准备：根据律师的建议和案件的具体情况，做好诉讼准备工作，包括撰写起诉状、准备证据材料、了解诉讼程序等。
最后，每个案件的具体情况都有所不同，因此在实际操作中可能需要根据案件的具体情况调整诉讼策略和被告选择。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。