结论前置：未领结婚证生育后男方失踪，女方可根据不同情况选择向男方户籍地或经常居住地法院起诉，具体如下：

1. 若涉及抚养费纠纷：根据《民法典》第一千零七十一条及《民事诉讼法》第二十二条，非婚生子女享有与婚生子女同等权利，不直接抚养方需支付抚养费。若男方失踪，女方可向男方户籍地法院起诉；若男方离开户籍地满一年以上，可向其经常居住地法院起诉（需提供居委会/村委会证明或暂住证等证据）。

2. 若涉及亲子关系确认：根据《民法典》第一千零七十三条及《民事诉讼法解释》第十二条，女方可单独向法院提起亲子关系确认之诉。起诉地选择规则与抚养费纠纷一致，即优先男方户籍地，次选经常居住地（需满足离开户籍地满一年条件）。

实务要点补充：

• 起诉前需准备基础证据：出生医学证明（记载生父信息）、亲子鉴定报告（如男方否认亲子关系）、男方失踪证明（可由公安机关出具人口信息查询记录或村委会/居委会证明）
• 若男方下落不明满两年，女方可先向法院申请宣告男方失踪（依据《民法典》第四十条），再以法定代理人身份代子女主张权利
• 诉讼时效问题：抚养费请求权不适用诉讼时效限制，但亲子关系确认诉讼应在子女成年前提出（特殊情况可延长至成年后一年）

风险提示：若男方无固定住所且下落不明，法院可能采用公告送达方式，导致诉讼周期延长。建议同步向公安机关报案查找男方下落，并保留相关证据。如有其他法律问题，可直接向我咨询。