结论：用流转经营权的农田申报设施农业用地修建设施农业冻库，是否长期占用农田合法，需视具体情况而定，关键在于是否符合设施农业用地的相关规定及审批流程。
分析说明：
设施农业用地的定义与范围：
- 设施农业用地是指直接用于经营性养殖的畜禽舍、工厂化作物栽培或水产养殖的生产设施用地及其相应附属设施用地，以及农村宅基地以外的晾晒场等农业设施用地。若修建的冻库属于此类设施，且用于农业生产相关活动，则可能符合设施农业用地的范畴。
流转经营权与设施农业用地的关系：
- 流转经营权是指土地承包经营权人将其承包的土地经营权流转给他人进行农业生产经营的行为。若您已合法流转取得农田的经营权，并计划在该土地上修建设施农业冻库，需确保该行为符合流转合同的约定及法律法规的规定。
设施农业用地的审批与备案：
- 根据相关规定，设施农业用地需经乡镇政府审核同意后，由县级自然资源主管部门和农业农村主管部门进行备案。未经审批或备案擅自占用土地修建设施，可能构成违法用地行为。因此，在修建冻库前，您需确保已按照流程完成审批与备案手续。
长期占用农田的合法性：
- 长期占用农田是否合法，取决于您是否按照设施农业用地的规定使用土地，以及是否履行了相应的审批与备案程序。若您符合所有规定，且冻库的建设与使用均符合农业生产需要，则长期占用农田可能是合法的。反之，若未经审批或备案，或冻库的建设与使用与农业生产无关，则可能构成违法用地行为。
法律建议：
- 核实土地性质与用途：在修建冻库前，务必核实流转农田的性质与用途，确保其符合设施农业用地的要求。
- 履行审批与备案程序：按照相关规定，完成设施农业用地的审批与备案手续，确保修建冻库的合法性。
- 遵守合同约定：若流转合同中有关于土地使用的具体约定，需严格遵守，避免违约行为。
- 咨询专业意见：在修建冻库前，建议咨询当地自然资源主管部门或农业农村主管部门，获取更具体的指导与意见。
可能后果：
- 若未经审批或备案擅自占用土地修建冻库，可能面临责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状等行政处罚。
- 若冻库的建设与使用与农业生产无关，或存在其他违法行为，还可能面临更严重的法律后果。
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