结论：即使已经归还了通过做假合同套取的公司资金，公司仍然有权报案，且相关行为可能涉及刑事犯罪，需承担相应的法律责任。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律责任角度
刑事责任：
- 做假合同套取公司资金的行为，可能构成《中华人民共和国刑法》中的诈骗罪或职务侵占罪（具体取决于行为人的身份和行为的性质）。
- 诈骗罪是指以非法占有为目的，用虚构事实或者隐瞒真相的方法，骗取数额较大的公私财物的行为。
- 职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。
- 即便行为人已经归还了资金，但这并不改变其之前行为的违法性。归还资金可能作为量刑时的一个考虑因素，但不影响犯罪的成立。
民事责任：
- 除了刑事责任外，行为人还可能因违反公司规章制度或合同约定而承担民事责任，如赔偿公司因此遭受的损失等。
二、公司报案权利角度
报案权利：
- 公司作为受害方，有权向公安机关报案，要求追究行为人的刑事责任。
- 报案是公司维护自身合法权益的一种方式，不受行为人是否已归还资金的影响。
报案后的处理：
- 公安机关在接到报案后，会进行初步调查，并根据调查结果决定是否立案。
- 如果立案，将依法进行侦查，并可能将案件移送检察机关审查起诉。
三、实际案例与法律后果
- 在实际案例中，即使行为人归还了资金，如果其行为构成犯罪，仍然会受到法律的制裁。归还资金可能作为量刑时的从轻或减轻情节，但并非免责事由。
- 法律后果的严重性取决于多种因素，包括犯罪的性质、数额、情节以及行为人的认罪态度等。
四、建议与风险提示
建议：
- 如果您或您身边的人涉及此类行为，建议立即停止并主动向公司说明情况，争取从轻处理。
- 咨询专业律师，了解具体的法律后果和应对策略。
风险提示：
- 不要试图通过归还资金来逃避法律责任，因为这并不改变之前行为的违法性。
- 遵守法律法规和公司规章制度，避免涉及任何违法犯罪行为。
总结：做假合同套取公司资金并归还后，公司仍然有权报案，且相关行为可能涉及刑事犯罪。建议您或相关人员立即停止此类行为，并咨询专业律师以了解具体的法律后果和应对策略。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。