结论：事故发生超过三年，是否还可以做智力伤残的伤残等级鉴定，需根据具体情况判断，一般情况下，若未超过诉讼时效且存在合理理由，仍可进行鉴定；但若已超过诉讼时效且无合理理由，则可能无法进行鉴定。以下从不同角度进行分析：
一、诉讼时效的角度
诉讼时效的规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
- 在交通事故赔偿或劳动工伤赔偿中，若涉及智力伤残的鉴定，通常是为了确定赔偿金额或责任比例。因此，该鉴定请求通常受上述诉讼时效的限制。
诉讼时效的起算点：
- 诉讼时效通常从权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
- 在事故发生后，若权利人及时知晓了智力受损的情况，并意识到需要进行伤残等级鉴定以维护自身权益，则诉讼时效从该知晓之日起算。
超过诉讼时效的后果：
- 若超过诉讼时效期间，权利人再向人民法院提起诉讼或申请鉴定，人民法院可能不予受理或驳回其请求。
- 但若存在诉讼时效中断、中止等法定情形，如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等，则诉讼时效可重新计算。
二、鉴定合理性的角度
鉴定必要性：
- 即使事故发生超过三年，若权利人因智力受损而持续遭受损失，且该损失与事故存在因果关系，则进行伤残等级鉴定仍具有必要性。
- 鉴定结果可作为确定赔偿金额或责任比例的重要依据，有助于权利人维护自身合法权益。
鉴定可行性：
- 智力伤残的鉴定通常依赖于专业的医学评估和心理学测试。只要权利人的智力受损情况仍然存在，且能够配合鉴定机构进行必要的测试和评估，则鉴定在技术上是可行的。
- 但需注意，随着时间推移，权利人的智力受损情况可能发生变化，鉴定结果可能受到一定影响。
三、实际操作中的建议
及时咨询专业机构：
- 若事故发生超过三年，且权利人考虑进行智力伤残的伤残等级鉴定，建议首先咨询专业的鉴定机构或律师事务所，了解鉴定的可行性、流程及所需材料。
准备充分证据：
- 在申请鉴定前，权利人应准备充分的证据证明其智力受损情况与事故存在因果关系，如医疗记录、事故认定书、证人证言等。
考虑诉讼时效问题：
- 若事故发生已超过三年，且权利人未在诉讼时效期间内提起诉讼或申请鉴定，应评估是否存在诉讼时效中断、中止等法定情形，以确定是否仍可进行鉴定。
总结：事故发生超过三年是否还可以做智力伤残的伤残等级鉴定，需综合考虑诉讼时效、鉴定合理性和实际操作中的可行性等因素。若您面临此类情况，建议直接向我咨询，以便根据您的具体情况提供更详细的法律建议。