针对企业主体破产但未注销时，行政处罚主体的处理方式需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若企业处于破产清算程序且未注销，行政处罚主体仍可依法作出处罚，但需注意执行程序衔接
   根据《企业破产法》第19条，法院受理破产申请后，有关债务人财产的保全措施应当解除，执行程序应当中止。但行政处罚的作出不受破产程序直接影响，行政机关仍可依法对企业违法行为进行立案、调查并作出处罚决定（如罚款、没收违法所得等）。不过，处罚决定的执行需通过破产程序处理：

   • 罚款等财产性处罚：根据《企业破产法》第113条，行政罚款属于劣后债权，需在清偿普通债权之后分配，实践中往往难以全额受偿；
     
   • 非财产性处罚（如责令停产停业、吊销许可证）：若处罚涉及企业继续经营资格，需由管理人根据破产程序需要决定是否履行相关义务（如申请注销许可证），行政机关可督促管理人配合。

2. 若企业已宣告破产且未注销，行政处罚的作出需谨慎，执行以破产财产为限
   企业被宣告破产后，若尚未完成注销登记，其法律主体资格仍存续，但财产已由管理人接管。此时：

   • 行政机关可依法作出处罚，但需明确处罚对象为企业本身，而非股东或实际控制人（除非存在《公司法》第20条规定的滥用权利情形）；
     
   • 处罚执行时，行政机关应向管理人申报债权，并按照《企业破产法》规定的清偿顺序参与分配（如罚款劣后于职工债权、税款债权和普通债权）；
     
   • 若企业无财产可供分配，行政机关可能面临“执行不能”的风险，此时可依据《行政处罚法》第72条申请法院强制执行，但实际效果有限。

3. 若企业已注销，行政处罚主体需终止处罚程序并追究相关责任人
   企业注销后，其法律主体资格消灭，行政机关不得再以企业为对象作出处罚。但若企业注销前存在违法行为，行政机关可：

   • 依据《公司法》第204条，追究清算组成员（如股东、董事）的责任（如未依法清算导致债权人损失的，需承担赔偿责任）；
     
   • 若违法行为涉及刑事犯罪（如污染环境、非法经营），可移送公安机关追究直接责任人的刑事责任；
     
   • 若企业通过虚假注销逃避处罚，行政机关可申请法院撤销注销登记，恢复企业主体资格后继续处罚（但实践中操作难度较大）。

实务建议：

• 对行政机关而言，发现企业破产未注销时，应及时与破产管理人沟通，明确处罚决定的作出和执行方式，避免程序冲突；
  
• 对企业而言，若面临破产，应主动配合行政机关调查，避免因逃避处罚导致责任扩大（如从行政责任升级为刑事责任）；
  
• 对管理人而言，需在破产程序中依法处理行政处罚债权，避免因未履行义务被追究责任。
  

如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。