结论：公司因投标文件未解密被扣保证金后，能否向员工追讨，需根据具体情况判断，包括员工是否存在过错、过错程度以及公司内部规章制度等。以下从不同角度进行分析：
一、员工过错与责任承担
员工存在故意或重大过失：
- 若员工在准备投标文件过程中，因故意或重大过失导致文件未解密（如未按照公司规定操作、未按时提交解密文件等），且该行为与公司被扣保证金之间存在直接因果关系，那么公司有权根据内部规章制度或劳动合同约定，向员工追讨部分或全部损失。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者因故意或重大过失给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。但具体赔偿范围需根据实际情况和公司规章制度确定。
员工无过错或一般过失：
- 若员工在准备投标文件过程中已尽到合理注意义务，但因不可抗力、技术故障等非员工原因导致文件未解密，那么员工通常不承担赔偿责任。
- 法律依据：在此情况下，员工的行为不构成违约或侵权，因此无需承担法律责任。公司应自行承担因投标文件未解密而产生的损失。
二、公司内部规章制度与劳动合同约定
公司规章制度：
- 公司应制定完善的内部规章制度，明确员工在投标过程中的职责、操作流程以及因过错导致损失时的赔偿责任。若规章制度中明确规定了员工因投标文件未解密需承担的责任，且该制度已向员工公示并征得其同意，那么公司有权依据规章制度向员工追讨损失。
劳动合同约定：
- 劳动合同是公司与员工之间约定权利义务的重要法律文件。若劳动合同中明确约定了员工在投标过程中的责任以及因过错导致损失时的赔偿责任，那么公司有权依据劳动合同约定向员工追讨损失。
三、追讨程序与注意事项
追讨程序：
- 公司应首先与员工进行协商，尝试通过友好方式解决纠纷。若协商无果，公司可以依据内部规章制度或劳动合同约定，向员工发出书面追讨通知，要求其在规定期限内赔偿损失。
- 若员工拒绝赔偿或双方无法达成一致，公司可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，通过法律途径解决纠纷。
注意事项：
- 公司在追讨损失时，应确保自身行为合法合规，不得侵犯员工的合法权益。
- 公司应保留好相关证据，如投标文件、解密记录、员工操作记录等，以便在纠纷解决过程中证明自身主张。
- 公司在制定内部规章制度或劳动合同约定时，应确保条款内容合法、合理且明确具体，避免因条款模糊或违法而导致无法追讨损失。
建议：公司在遇到此类情况时，应首先评估员工是否存在过错以及过错程度，并依据内部规章制度和劳动合同约定进行追讨。若无法确定员工责任或追讨无果，建议及时咨询专业律师，以便通过法律途径维护自身权益。有问题可以直接向我咨询。