公司因重大变更进行人员分流调岗、降薪的合法性，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、合法的情况
协商一致并签订书面协议
- 如果公司因重大变更（如业务重组、战略调整等）需要调整员工岗位和薪资，且与员工进行了充分的沟通，取得了员工的明确同意，并签订了书面的劳动合同变更协议，那么这种调岗降薪行为是合法的。这符合《劳动合同法》中双方平等自愿、协商一致的原则。
劳动合同中有明确约定
- 若劳动合同中已明确赋予公司根据经营需要调整员工岗位及薪资的权利，并且这种调整是合理的（如因公司业务范围变化、组织结构调整等），同时调整后的岗位与原岗位具有关联性，薪资待遇降低幅度在合理范围内，那么此调岗降薪行为可能被视为合法。
劳动者不能胜任工作
- 当公司有充分证据证明员工不能胜任当前工作时（如绩效考核记录、培训证明等），公司有权对员工进行调岗，并适当调整薪资。但调岗应合理，需与员工的工作能力和新岗位要求相匹配。这种情况下，调岗降薪也是合法的。
公司经营困难
- 在公司面临严重经营困难（如财务危机、市场环境恶化等）且确需通过调整岗位和薪资来维持生存和发展的情况下，若公司能提供相关证据并与员工进行充分沟通协商，此调岗降薪行为可能被视为具有合理性和合法性。
二、不合法的情况
缺乏合理理由
- 如果公司没有合理的经营需要或其他法定理由，仅凭个人关系不和或为了逼迫员工主动离职等不合理目的而调岗降薪，那么此类行为是不合法的。
未履行法定程序
- 如果公司未与员工进行协商，或未按照劳动合同约定的程序擅自变更员工的工作岗位和薪资待遇，同样属于违法行为。
恶意调岗降薪
- 公司不得通过调岗降薪的方式对员工进行打击报复或变相逼迫离职。此类恶意行为侵犯了员工的合法权益，员工有权拒绝并要求恢复原工资待遇。
三、员工权益保护建议
面对公司不合法的调岗降薪行为，员工可以采取以下措施来维护自身权益：
与公司沟通协商：首先尝试与公司进行沟通，表达自己的诉求并寻求解决方案。
收集证据：保留好能证明自己在公司工作的所有证据，以及公司违法调岗降薪的相关证据，如调岗通知、薪资调整记录、沟通记录等，为后续维权做好准备。
申请劳动仲裁或提起诉讼：若与公司协商无果，员工可以向当地劳动仲裁委员会申请仲裁，或直接向人民法院提起诉讼，要求公司恢复原岗位和原工资，并赔偿因此造成的损失。
总结来说，公司因重大变更进行人员分流调岗、降薪的合法性取决于多个因素，包括是否协商一致、劳动合同中是否有明确约定、员工是否不能胜任工作以及公司是否面临经营困难等。如果公司行为不合法，员工应依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。