当事人一般不能直接申请公开申请许可案卷中其自身的身份信息，但存在例外情形，具体分析如下：
一般原则：身份信息受保护，不随意公开
- 根据《中华人民共和国政府信息公开条例》第十五条，涉及商业秘密、个人隐私等公开会对第三方合法权益造成损害的政府信息，行政机关不得公开。身份信息属于个人隐私范畴，原则上受保护，不随意公开。
- 行政机关在处理政府信息公开申请时，会严格审查信息内容，若涉及个人隐私，且公开可能损害当事人合法权益，通常会拒绝公开。
例外情形：当事人同意或存在重大公共利益
- 当事人同意：若当事人明确同意公开其身份信息，行政机关在核实同意真实性后，可依法公开。但需注意，同意公开应明确、具体，且不得违反法律法规或损害公共利益。
- 重大公共利益：若公开身份信息涉及重大公共利益，如公共卫生、公共安全等，且公开的必要性远大于对当事人隐私权的保护，行政机关可依法公开。但此情形需严格限定，且需充分说明公开的理由和依据。
特殊程序：第三方权益告知与征求意见
- 根据《中华人民共和国政府信息公开条例》第三十二条，行政机关拟公开涉及个人隐私的政府信息前，应书面征求第三方的意见。第三方不同意公开且有合理理由的，行政机关不得公开。但行政机关认为不公开可能对公共利益造成重大影响的，可予以公开，并将决定公开的政府信息内容和理由书面告知第三方。
- 在申请许可的案卷中，若涉及当事人身份信息，行政机关在处理公开申请时，会遵循上述程序，确保当事人权益得到充分保护。
实际操作建议
- 若当事人希望了解申请许可案卷中其身份信息的公开情况，可首先向行政机关提出书面申请，明确申请公开的信息内容、用途及理由。
- 行政机关在收到申请后，会依法进行审查，并书面告知当事人审查结果。若涉及个人隐私，行政机关会征求当事人意见，并根据意见及公共利益需要作出决定。
- 若当事人对行政机关的决定不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自身合法权益。