关于履约保证金被扣除的利息部分如何计算的问题，这主要取决于合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细解析：
一、合同约定优先
明确计息条款：
- 如果合同中明确规定了履约保证金的计息方式，比如“保证金按年利率X%计息”，那么利息的计算就应当严格按照合同约定的利率和计息方式进行。
退还条件及期限：
- 合同中还应明确保证金的退还条件及期限，例如“验收合格后14日内退还”。这有助于确定保证金被占用的具体时间，从而准确计算利息。
二、无约定时的处理
司法实践倾向：
- 在合同未明确约定利息的情况下，多数法院倾向于认为保证金占用期间不计息。这是因为履约保证金的主要目的是确保合同履行，而非作为投资或贷款，因此通常不产生利息收益。
例外情形：
- 如果因发包方（或合同对方）的原因导致保证金无法及时退还，例如拖延验收、故意刁难等，那么受损方可以主张逾期利息损失。这种情况下，利息的计算可能参照同期贷款市场报价利率（LPR）或存款利率。
三、利息计算标准
有约定时：
- 按照合同约定的利率和计息方式进行计算。例如，如果合同约定年利率为5%，那么利息就等于保证金金额乘以5%再乘以占用时间（以年为单位）。
无约定但支持计息时：
- 如果法院支持计息，但合同中未明确约定利率，那么可能参照同期贷款市场报价利率（LPR）或存款利率进行计算。具体利率和计息方式可能由法院根据案件实际情况和当地司法实践确定。
四、实务操作建议
合同签订阶段：
- 在签订合同时，应明确约定履约保证金的计息条款、退还条件及期限等关键内容，以避免后续纠纷。
纠纷预防机制：
- 定期核对保证金账户余额，确保保证金的安全和准确。
- 保留与保证金相关的所有沟通记录，如催告函、验收报告等，以证明己方无违约行为。
争议解决策略：
- 如果合同未约定计息且对方拖延退还保证金，可以主张逾期利息损失。此时需要举证证明实际损失的存在和金额。
- 参考同类案件的裁判规则，增强诉讼主张的说服力。
五、法律依据
- 《民法典》：规定了合同的基本原则、定金和违约责任等相关内容，为履约保证金的计息问题提供了法律基础。
- 《招标投标法实施条例》：对投标保证金的退还等作出了具体规定，虽然主要针对投标保证金，但其中的一些原则和规定也适用于履约保证金。
- 相关司法解释：如最高院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）等，为处理履约保证金纠纷提供了具体的司法指导。
总结
履约保证金被扣除的利息部分的计算主要取决于合同中的约定和相关法律法规的规定。在签订合同时，应明确约定计息条款和退还条件等关键内容；在发生纠纷时，应参考同类案件的裁判规则和法律法规进行维权。如果合同未约定计息且对方拖延退还保证金，可以主张逾期利息损失，但需要举证证明实际损失的存在和金额。