合同履约保证金违约金的计算方式应首先依据合同中的具体约定；若合同无明确约定，则需根据实际损失并参照相关法律法规来确定。具体分析如下：
一. 合同有明确约定的情况
直接按约定计算：
- 如果合同中明确规定了履约保证金违约后的违约金计算方式，如“违约方需支付合同总额的10%作为违约金”或“履约保证金直接作为违约金，不予退还”等，那么直接按照这些条款进行计算即可。
- 例如，合同中约定违约金为合同总额的10%，若合同总额为100万元，则违约金为10万元。
选择最有利条款：
- 当合同中同时约定了履约保证金和违约金，并且两者计算方式不同时，守约方可以选择对自己最有利的条款进行计算，但不能同时主张两者全额。
定金罚则的适用：
- 如果履约保证金具有定金的性质，并且合同中有定金罚则的约定，如“收受定金的一方违约需双倍返还”，则违约金的计算可按照定金罚则执行。
二. 合同没有约定的情况
确定实际损失：
- 在合同未约定违约金计算方式的情况下，守约方需要证明因对方违约所遭受的实际损失，包括直接损失和可得利益损失。
- 例如，因对方违约导致项目延期，守约方需额外支付的人工费、材料费等直接损失，以及因延期而错失的商业机会等可得利益损失。
合理估算：
- 违约金的数额应当相当于因违约所造成的损失，但不得超过违约方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。
- 若损失难以精确计算，可参照合同的性质、目的、交易习惯以及市场价格等因素进行合理估算。
法律裁决：
- 在无法达成一致意见时，双方可通过诉讼或仲裁等方式解决争议，由法院或仲裁机构根据具体情况裁决违约金的数额。
我建议在处理合同履约保证金违约金问题时，双方应首先尝试通过友好协商解决。若协商不成，可及时寻求法律途径以维护自身权益。同时，无论是合同约定还是法律裁决，都应确保违约金的计算方式合理、合法，并符合公平原则。如有进一步需要，您可以继续咨询我。