关于员工经济补偿金是按照应发工资还是实发工资计算的问题，这是一个涉及劳动者权益保障的重要法律问题。经济补偿金的计算基数是应发工资，而非实发工资。以下是对这一问题的详细解答：
一、应发工资与实发工资的定义及区别
应发工资：
- 定义：指员工根据工作性质和合同约定应获得的工资总额。
- 构成：包括基本工资、岗位工资、绩效工资、奖金、津贴等所有收入形式，是员工劳动所得的完整报酬。
实发工资：
- 定义：为员工实际到手的工资金额。
- 构成：在应发工资的基础上扣除了个人所得税、社保公积金个人缴纳部分等费用后的金额，因此通常低于应发工资。
二、经济补偿金的计算依据
工作年限：
- 经济补偿金依据劳动者在本单位的工作年限确定。每满一年，用人单位支付一个月工资作为补偿；工作满六个月但不满一年的，按一年计算；工作不满六个月的，则支付半个月工资的经济补偿。
月工资标准：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条，经济补偿金的月工资是指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，且此月工资应按照劳动者应得工资（即应发工资）计算。
- 应发工资包括计时工资、计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。
- 若该平均工资低于当地最低工资标准，则按最低工资标准计算。
- 劳动者工作不满十二个月的，按实际工作月数计算平均工资。
特殊情况处理：
- 对于月工资高于所在地区上年度职工月平均工资三倍的劳动者，经济补偿金按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。
三、不计入经济补偿金基数的收入
- 劳动保护费用，如工作服、解毒剂、清凉饮料费用等。
- 未列入工资总额的各种劳动报酬及其他劳动收入，如创造发明奖、国家星火奖、自然科学奖、科学技术进步奖等奖励，以及稿费、讲课费、翻译费等。
四、结论与建议
经济补偿金的计算严格遵循法律法规，按照应发工资进行，以确保劳动者权益得到充分保障。在实际操作中，用人单位和劳动者均应遵循相关规定，确保经济补偿金的合理计算和支付。
建议：
- 用人单位在计算经济补偿金时，应严格按照应发工资的标准进行，避免使用实发工资或扣除相关费用后的金额作为计算基数。
- 劳动者在了解自身权益时，也应明确经济补偿金的计算依据，确保在解除或终止劳动合同时获得公平合理的补偿。
综上所述，经济补偿金的计算基数是应发工资，这一规定旨在全面反映劳动者的劳动报酬情况，确保劳动者在解除或终止劳动合同时获得公平合理的补偿。