经济补偿金的计算基数是应发工资，而非实发工资。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律定义与依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。而根据相关法律解释和实务操作，这个“月工资”通常指的是应发工资，即劳动者在正常工作时间内应得的全部工资，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等，但尚未扣除社保、公积金、个人所得税等费用。
二、应发工资与实发工资的区别
应发工资：是劳动者在正常工作时间内应得的全部工资，是计算经济补偿金的基数。它包括了劳动者应得的所有收入，但尚未扣除各项费用。
实发工资：是劳动者实际收到的工资，即应发工资扣除社保、公积金、个人所得税等费用后的净额。实发工资通常低于应发工资。
三、经济补偿金计算基数的确定
在计算经济补偿金时，应以劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的应发工资的平均数为基数。这是因为应发工资更能反映劳动者在正常工作状态下的实际收入水平，而实发工资则因扣除各项费用而有所减少，不能准确反映劳动者的实际收入。
四、特殊情况下的处理
如果劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资低于当地最低工资标准的，按照当地最低工资标准计算经济补偿金。这是为了保障劳动者的基本生活需求。
如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。这是为了防止经济补偿金过高，对用人单位造成过大的负担。
五、实际操作建议
劳动者在计算经济补偿金时，应首先确定自己在劳动合同解除或者终止前十二个月的应发工资总额，然后除以十二得到月平均工资，再根据工作年限计算经济补偿金。
用人单位在支付经济补偿金时，应按照法律规定和劳动合同约定，准确计算经济补偿金的数额，并及时支付给劳动者。
如果双方对经济补偿金的计算基数或数额存在争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在此过程中，建议双方保留好相关证据，如工资条、劳动合同、解除或终止劳动合同的证明等，以便在争议解决过程中维护自己的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。