关于军工研究所签了两方协议后是否会毁约的问题，不能一概而论，这取决于多种因素。以下从不同角度为你详细分析：
一、两方协议的法律性质与约束力
两方协议，通常指的是求职者与用人单位（在此为军工研究所）之间签订的，就双方权利义务关系达成一致的协议。这种协议在法律上具有一定的约束力，一旦签订，双方都应按照协议内容履行各自的义务。如果一方无故毁约，可能需要承担相应的法律责任。
二、军工研究所可能毁约的情况
政策或项目调整：军工研究所作为国家重要的科研机构，其运营和项目开展往往受到国家政策和战略部署的影响。如果因政策调整或项目变更，导致原协议无法继续履行，军工研究所可能会提出毁约。但这种情况下，研究所通常需要承担一定的违约责任，如支付违约金或赔偿损失等。
求职者条件不符：在签订两方协议后，如果军工研究所发现求职者的实际条件（如学历、专业背景、技能水平等）与协议中约定的不符，或者求职者在后续环节中未能通过体检、政审等必要程序，研究所可能会选择毁约。这种情况下，毁约的责任可能在于求职者，但研究所仍需按照协议约定或法律规定处理相关事宜。
内部管理或决策变化：军工研究所作为大型机构，其内部管理和决策流程可能较为复杂。如果因内部管理调整或决策变化，导致原协议无法继续履行，研究所也可能会提出毁约。但这种情况相对较少见，且研究所通常需要承担一定的违约责任。
三、求职者如何应对可能的毁约情况
仔细阅读协议条款：在签订两方协议前，求职者应仔细阅读协议条款，了解双方的权利义务关系、违约责任等关键内容。这样，在协议履行过程中，如果出现问题，求职者可以依据协议条款维护自己的合法权益。
保留相关证据：在协议履行过程中，求职者应保留好与军工研究所的沟通记录、协议文本、相关凭证等证据。这些证据在后续维权过程中可能起到关键作用。
及时沟通协商：如果求职者发现军工研究所有毁约的迹象或已经提出毁约，应及时与研究所进行沟通协商，了解毁约的具体原因和研究所的解决方案。在协商过程中，求职者可以依据协议条款和法律规定，提出自己的合理诉求和解决方案。
寻求法律援助：如果沟通协商无果，求职者可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。在此过程中，求职者可以咨询专业律师，了解自己的法律权益和维权途径。
总结来说，军工研究所签了两方协议后是否会毁约，取决于多种因素。作为求职者，在签订协议前应仔细阅读条款、保留相关证据；在协议履行过程中应及时沟通协商；如果出现问题，可以寻求法律援助维护自己的合法权益。如果你有更多关于合同纠纷或劳动工伤方面的法律问题，可以直接向我咨询。