交通事故赔偿协议可以在治疗结束后生效，但这并非绝对，具体取决于协议中的约定以及双方当事人的意愿。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、协议生效的一般原则
交通事故赔偿协议，作为双方当事人就赔偿事宜达成的一致意见，其生效时间通常遵循合同生效的一般原则，即双方当事人意思表示一致，且不违反法律、行政法规的强制性规定时，合同即成立并生效。因此，如果双方当事人在协议中明确约定赔偿协议在治疗结束后生效，或者双方均同意在治疗结束后开始履行赔偿义务，那么该协议在治疗结束后生效是合法且有效的。
二、协议生效的特殊情形
协议中未明确约定生效时间：如果赔偿协议中并未明确约定生效时间，那么根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同自成立时生效。这意味着，一旦双方当事人就赔偿事宜达成一致意见并签署协议，该协议即刻生效，无论治疗是否结束。然而，在实际操作中，为了保障受害方的权益，双方可能会约定在治疗结束后根据实际损失情况再确定赔偿金额，但这并不影响协议的成立和生效，只是赔偿金额的确定时间可能延后。
协议中约定附条件生效：双方当事人还可以在协议中约定附条件的生效条款，例如“本协议自双方签字盖章且受害方治疗结束之日起生效”。在这种情况下，赔偿协议的生效将取决于所附条件的成就，即治疗结束。只有当治疗结束这一条件满足时，协议才会生效。
三、法律建议
明确约定生效时间：为了避免纠纷和误解，建议双方当事人在签署赔偿协议时明确约定生效时间。如果希望在治疗结束后生效，应在协议中明确写明“本协议自受害方治疗结束之日起生效”或类似条款。
考虑赔偿金额的确定：如果双方约定在治疗结束后生效，那么还需要考虑赔偿金额的确定问题。可以在协议中约定一个初步的赔偿金额或赔偿范围，并明确在治疗结束后根据实际损失情况进行调整。这样既可以保障受害方的权益，又可以避免双方因赔偿金额问题产生纠纷。
咨询专业律师：在签署赔偿协议前，建议双方当事人咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议和指导，帮助双方当事人制定合法、有效的赔偿协议。
如有任何关于交通事故赔偿协议的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。