针对“入股合同甲方不在店里怎么办”这一问题，核心前提是双方已签订入股合同，但甲方（通常为店铺原经营者或主要负责人）因故不在店内，可能影响合同履行或后续合作。以下是具体分析及建议：

1. 明确合同条款，确认甲方义务
   首先需审查入股合同中关于甲方义务的约定，例如是否要求甲方必须亲自参与经营、是否允许委托他人代为管理、甲方不在店时的决策机制等。若合同明确约定甲方需在场履行特定职责（如日常管理、财务审批等），而其长期缺席可能构成违约，您有权依据合同要求其承担违约责任（如赔偿损失、调整股权比例等）。若合同未明确约定，则需结合行业惯例及双方合作目的进一步分析。

2. 区分“暂时不在”与“长期失联”

   • 暂时不在：若甲方因合理原因（如出差、休假等）短期离店，但已通过书面或口头方式授权他人代为处理事务，且该授权符合合同约定或法律要求（如公司章程、股东会决议等），则合作可继续推进。建议要求甲方提供书面授权文件，明确代理权限及期限，避免后续纠纷。
     
   • 长期失联：若甲方无正当理由长期无法联系，且未履行合同义务（如未参与经营、未分配利润等），可能构成根本违约。此时您可依据《民法典》第五百六十三条主张解除合同，并要求甲方返还投资款、赔偿损失；若涉及公司制企业，还可依据《公司法》相关规定行使股东权利（如查阅账簿、提议召开股东会等）。

3. 通过书面沟通固定证据
   无论甲方是暂时不在还是长期失联，均建议通过书面方式（如邮件、短信、微信等）与甲方沟通，明确询问其离店原因、返店时间及后续安排，并保留沟通记录。若甲方未回复或回复内容含糊，可进一步发送《履约催告函》，要求其在合理期限内履行合同义务，否则将采取法律措施。此举可为后续维权提供证据支持。

4. 协商补充协议或调整合作模式
   若甲方因客观原因（如健康问题、家庭变故等）确实无法继续履行合同，但您仍希望继续合作，可协商签订补充协议，调整甲方义务（如减少其经营参与度、引入第三方管理团队等）或变更股权结构（如甲方转让部分股权给您或其他股东）。补充协议需明确各方权利义务，避免未来争议。

5. 法律途径维权
   若协商无果，且甲方行为已严重损害您的合法权益，可向法院提起诉讼或申请仲裁（依合同约定）。诉讼/仲裁请求可包括：要求甲方继续履行合同、赔偿损失、解除合同并返还投资款等。若涉及公司制企业，还可依据《公司法》要求查阅公司账簿、行使股东知情权等。

总结：甲方不在店是否影响合同履行，需结合合同条款、离店原因及双方沟通情况综合判断。建议优先通过书面沟通固定证据，协商调整合作模式；若协商无果，可依法维权。如有具体合同条款或沟通记录需要分析，可直接向我咨询。