车主私下赔偿的1000元一般不能直接算作保险公司的赔偿，但具体是否可由保险公司承担或追偿，需分情况讨论：

1. 若车主已向保险公司报案并获得理赔授权
   若事故发生后，车主及时通知保险公司，且保险公司明确同意或授权车主先行垫付赔偿款（例如通过书面协议或录音确认），则该1000元可能被认定为保险公司理赔范围的一部分。车主需保留赔偿凭证（如收条、转账记录、事故认定书等），后续可凭这些材料向保险公司申请报销。

2. 若车主未通知保险公司，擅自私下赔偿
   若车主未履行报案义务，直接与对方达成赔偿协议并支付1000元，则保险公司通常有权拒绝承担该费用。因为保险合同中一般约定“被保险人应在事故发生后及时通知保险人”，未通知可能导致保险公司无法核实事故真实性、损失合理性或对方身份，进而影响理赔。

3. 若赔偿金额超出保险责任范围或存在免责情形
   即使车主报案并获得授权，若赔偿的1000元属于保险合同约定的免责范围（如酒驾、无证驾驶等），或超出保险限额（如交强险财产损失限额为2000元，但商业险未投保），保险公司仍可能拒绝赔付。

建议：

• 发生事故后，第一时间联系保险公司，明确是否需要垫付及垫付流程；
  
• 保留所有赔偿凭证和沟通记录（如微信、录音），避免口头协议；
  
• 若对方要求赔偿，建议通过保险公司定损后直接支付至对方账户，减少私下交易风险。
  

如有其他细节需要进一步分析，可直接向我咨询。