结论：公司厂房土地承包合同是否需要变更，需分情况讨论，具体如下：

1. 若原股东退出后，土地租赁关系仍由公司继续承租
   根据《民法典》第七百一十六条，承租人经出租人同意，可以将租赁物转租给第三人。原股东作为名义承租人退出后，若公司实际使用土地且出租人（土地所有权人或管理人）同意，合同主体应变更为公司，否则原股东可能因合同相对性继续承担义务（如支付租金、违约责任等）。
   操作建议：

   • 立即与出租人协商，签订三方协议（原股东、公司、出租人），明确合同权利义务转移至公司；
     
   • 若出租人不同意变更，原股东可与公司签订内部协议，约定由公司实际履行合同并承担责任，但此协议仅对双方有效，无法对抗出租人。

2. 若原股东退出后，土地租赁关系由新股东或第三方承租
   若新股东或第三方与出租人重新签订租赁合同，则原合同自然终止，无需变更但需办理终止手续。
   操作建议：

   • 原股东与出租人签订终止协议，明确双方权利义务终结；
     
   • 新承租人需与出租人签订新合同，并确保符合土地用途规划（如工业用地需符合产业政策）。

3. 若未变更合同且原股东退出后公司继续使用土地
   原股东可能面临法律风险：

   • 出租人可要求原股东继续履行合同（如支付租金）；
     
   • 若公司未支付租金，原股东可能被起诉并承担违约责任。
     操作建议：
     
   • 立即停止使用土地，与出租人协商解决方案；
     
   • 若必须继续使用，务必按第一种情况变更合同主体。

关键提醒：土地租赁合同变更需出租人书面同意，否则变更无效。建议尽快梳理合同条款、出租人意愿及公司实际使用情况，必要时委托律师起草协议，避免纠纷。如有进一步疑问，可直接向我咨询。