结论：承包荒山合同到期后已有六年，是否还能起诉，这取决于具体的诉讼时效情况以及合同中的相关约定。一般来说，如果合同中有明确约定合同到期后的处理方式，且未违反法律法规的强制性规定，那么应按照合同约定执行；若合同未明确约定或约定不明，且未超过诉讼时效，则仍有权起诉要求处理合同到期后的相关事宜。以下从多个角度进行详细分析：
一、合同约定的角度
合同有明确约定：
- 如果承包荒山合同中明确约定了合同到期后的处理方式，如续期、收回、补偿等条款，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么双方应按照合同约定执行。
- 在此情况下，如果一方未按照合同约定履行义务，另一方有权在合同约定的期限内或法律规定的诉讼时效内提起诉讼，要求对方履行义务或承担违约责任。
合同未明确约定或约定不明：
- 如果合同未明确约定合同到期后的处理方式，或者约定不明，那么双方应协商解决。
- 协商不成的，可以根据《民法典》等相关法律法规的规定，以及行业惯例、交易习惯等，来确定合同到期后的处理方式。
二、诉讼时效的角度
一般诉讼时效：
- 根据《民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
- 在承包荒山合同纠纷中，如果合同到期后，一方未按照约定履行义务，另一方应在知道或应当知道权利受到损害之日起三年内提起诉讼。
诉讼时效的中断与延长：
- 诉讼时效期间因提起诉讼、当事人一方提出要求或者同意履行义务而中断。从中断时起，诉讼时效期间重新计算。
- 在特殊情况下，人民法院可以根据权利人的申请决定延长诉讼时效期间。
超过诉讼时效的后果：
- 如果超过诉讼时效期间提起诉讼，且对方提出诉讼时效抗辩，人民法院将驳回原告的诉讼请求。
- 但需要注意的是，即使超过诉讼时效，如果对方自愿履行义务的，不受诉讼时效的限制。
三、具体案例分析
- 在您的情况下，承包荒山合同到期后已有六年，如果合同中未明确约定合同到期后的处理方式，且您未在知道或应当知道权利受到损害之日起三年内提起诉讼，那么可能面临超过诉讼时效的风险。
- 但是，如果在这六年间，您曾向对方提出过要求履行义务或对方曾同意履行义务，导致诉讼时效中断，那么诉讼时效期间将重新计算。
- 另外，如果对方在合同到期后继续占用荒山并支付费用，或者双方存在其他事实上的合同关系，那么也可能构成对原合同的延续或变更，从而影响诉讼时效的计算。
四、建议
- 审查合同：首先审查承包荒山合同中的相关条款，特别是关于合同到期后的处理方式、违约责任等条款。
- 收集证据：收集与合同履行、诉讼时效中断等相关的证据，如书面通知、邮件、短信、录音等。
- 咨询律师：在了解具体情况后，咨询专业律师的意见，评估诉讼风险和可行性。
- 及时行动：如果决定提起诉讼，应在诉讼时效期间内及时行动，避免错过最佳时机。
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