联营协议中开立独立账户是合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律层面

根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规，联营协议是联营各方为了共同的经济目的，自愿达成的明确各方权利义务的协议。在联营协议中，各方可以约定设立独立账户，用于联营体的资金管理和运营。这种约定并不违反法律的强制性规定，因此是合法的。

实际操作层面

1. 资金管理：开立独立账户有助于联营体对资金进行统一管理和监督，确保资金的安全和有效使用。通过独立账户，联营体可以清晰地记录每一笔资金的流入和流出，便于进行财务分析和决策。
2. 风险隔离：独立账户还可以起到风险隔离的作用。在联营体运营过程中，如果某一方出现财务问题或法律纠纷，独立账户中的资金可以相对独立地受到保护，避免被牵连或冻结。
3. 税务合规：从税务角度来看，开立独立账户也有助于联营体进行税务申报和缴纳。通过独立账户，联营体可以清晰地核算其收入和支出，确保税务申报的准确性和合规性。

注意事项

1. 协议约定：在联营协议中，各方应明确约定独立账户的开立、管理、使用等事项，包括账户的开户行、账户名称、账户密码、资金划转等细节。这有助于避免后续因账户管理问题而产生的纠纷。
2. 合规性审查：在开立独立账户时，联营体应确保符合相关法律法规和监管要求。例如，需要选择合法的金融机构作为开户行，确保账户的开立和使用符合反洗钱、反恐怖融资等规定。
3. 监督机制：为了确保独立账户的有效管理和使用，联营体可以建立相应的监督机制。例如，可以设立专门的财务管理委员会或指定专人负责账户的监督和管理，定期对账户进行审计和检查。

如果你在联营协议开立独立账户方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。