机动车负主要责任时，医疗费的赔偿通常先由交强险在限额内赔付，不足部分按责任比例由商业险或侵权人承担。以下是详细分析：
交强险的赔付：根据《机动车交通事故责任强制保险条例》的规定，机动车发生交通事故造成人身伤亡、财产损失的，由保险公司在交强险责任限额范围内予以赔偿。这意味着，无论机动车一方在事故中承担何种责任，交强险都会在其责任限额内对受害人的医疗费等损失进行赔付。具体来说，医疗费用的赔偿限额通常为一定金额（具体数额可能因地区和政策调整而有所不同），在这个限额内，保险公司会全额赔付受害人的医疗费用。
超出交强险部分的赔付：如果受害人的医疗费用超出了交强险的赔偿限额，那么超出的部分就需要根据事故责任的比例来分担。在机动车负主要责任的情况下，通常意味着机动车一方需要承担超出交强险赔偿限额部分的大部分费用。具体比例可能因地区和具体案件情况而有所不同，但一般来说，主要责任可能意味着承担70%至90%的责任。这部分费用，如果机动车一方购买了商业第三者责任险，那么可以由保险公司在商业险的赔偿限额内进行赔付；如果机动车一方没有购买商业险或者商业险的赔偿限额不足以覆盖全部费用，那么剩余的费用就需要由机动车一方自行承担。
特殊情况下的赔付：在某些特殊情况下，比如机动车一方存在故意或者重大过失，或者受害人存在过错等，可能会影响医疗费的赔付比例和方式。此外，如果受害人能够证明其医疗费用与事故有直接因果关系，并且提供了充分的证据支持其主张，那么其医疗费用得到全额赔付的可能性也会增加。
在处理这类案件时，建议受害者及时收集并保存好所有与医疗费用相关的证据，如医疗费发票、诊断证明、用药清单等，以便在后续的赔偿过程中能够充分证明自己的损失。如果对赔偿问题有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。