公司未经合法程序及规定直接对员工进行罚款并扣工资，通常是不合法的。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据
《工资支付暂行规定》：该规定明确指出，用人单位不得随意克扣劳动者工资，除非符合法律规定的代扣情形，如个人所得税、社会保险费用等。公司自行设定的罚款项目并不在法律允许的代扣范围内。
《中华人民共和国劳动法》：该法规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。这进一步强调了公司不得随意扣减员工工资的原则。
二、公司罚款行为的合法性分析
缺乏法定权力：企业并非行政机关，不具备行政处罚权。因此，除非有明确的法律授权或符合法律规定的特定情况，否则企业无权对员工进行罚款。
制度依据需合法且合理：即便公司制定了罚款制度，该制度也必须经过民主程序制定，向劳动者公示，并且内容必须合理、合法。若制度本身存在问题，如未经民主程序、未公示、内容不合理或不合法，则不能作为罚款扣工资的依据。
罚款原因需合理公正：罚款应有明确的证据支持，且原因必须合理、公正。公司不能仅凭主观判断或随意找理由进行罚款。
罚款金额需合规：罚款金额应适中，不能过高以至于严重影响劳动者的基本生活。过高的罚款很可能被认定为无效。
三、劳动者的维权途径
与公司协商：员工可以首先尝试与公司进行友好沟通，说明公司扣工资的行为缺乏法律依据，要求返还被克扣的工资。
向劳动监察部门投诉：若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权监督检查用人单位的工资支付情况，并可责令用人单位改正违法行为，支付赔偿金。
申请劳动仲裁：员工还可以收集相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录、公司罚款通知等，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付被克扣的工资及相应的经济补偿。对仲裁结果不满意的，员工还可以在规定期限内向法院提起诉讼。
总结：公司在处理罚款和扣工资事宜时，必须严格遵守法律法规，尊重员工的合法权益。员工在面临此类问题时，也应了解自己的法律地位及维权途径，积极维护自身合法权益。如果公司存在违法行为，员工有权通过合法途径进行维权。