公安机关在办理刑事案件中程序严重违法，是指公安机关在刑事诉讼过程中违反了法律规定的诉讼程序，且这种违法行为达到了严重的程度，对当事人的合法权益、司法公正或司法公信力造成了显著损害。以下是对这一概念的详细分析，从不同阶段和情形进行阐述：
一、立案阶段
应当立案而不立案：
- 公安机关、人民检察院对符合立案条件的犯罪事实或犯罪嫌疑人，未予立案。例如，明显达到盗窃罪立案标准的案件，若被公安机关以各种理由拒绝立案，即构成程序违法，且若这种违法行为导致犯罪嫌疑人逃避法律制裁，损害了被害人的合法权益，可视为严重违法。
不应立案而立案：
- 对没有犯罪事实或犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的案件予以立案侦查。这不仅浪费司法资源，还可能给当事人带来不必要的困扰，若因此导致当事人名誉受损、财产损失等严重后果，可视为程序严重违法。
二、侦查阶段
非法取证：
- 通过刑讯逼供、暴力、威胁等非法方法收集犯罪嫌疑人、被告人供述和证人证言；或者采取偷录、窃听等手段侵害他人合法权益；以及通过不符合法定程序收集物证、书证。这些行为严重影响司法公正，若因此导致无辜者被定罪或罪重者被轻判，可视为程序严重违法。
超期羁押：
- 羁押时间超过法律规定期限，侵害了犯罪嫌疑人的人身自由权利。若超期羁押时间较长，或导致犯罪嫌疑人身心健康受到严重损害，可视为程序严重违法。
违反回避规定：
- 应当回避的侦查人员未回避，如案件侦查人员是犯罪嫌疑人的近亲属却未主动提出回避并参与案件侦查。若这种违法行为影响了案件的公正性，导致错误判决，可视为程序严重违法。
未告知权利：
- 未依法告知犯罪嫌疑人相关诉讼权利，剥夺了其知情权。若因此导致犯罪嫌疑人无法有效行使辩护权，影响案件公正审判，可视为程序严重违法。
非法搜查：
- 执法人员未取得相应执法资格就进行搜查，或搜查程序不符合法律规定。若因此导致当事人隐私权、财产权等受到严重侵害，可视为程序严重违法。
三、审查起诉阶段
审查期限违法：
- 人民检察院未在法定期限内对案件作出是否起诉的决定，导致案件拖延。若因此导致犯罪嫌疑人长时间处于不确定状态，或被害人权益无法得到及时保障，可视为程序严重违法。
未依法听取意见：
- 应听取犯罪嫌疑人、辩护人、被害人及其诉讼代理人的意见而未听取，或未记录在案。若因此导致重要信息遗漏，影响案件公正审判，可视为程序严重违法。
未严格遵循法定程序：
- 如检察机关在审查起诉过程中未依法讯问犯罪嫌疑人，或超期审查、违规不起诉、违法退回补充侦查等。若这些行为导致案件处理不当，损害当事人合法权益，可视为程序严重违法。
四、审判阶段
管辖错误：
- 法院受理并审判了不属于自己管辖范围的案件。若因此导致审判不公正或后续程序混乱，可视为程序严重违法。
审判组织不合法：
- 合议庭法官人数不符合法律规定，或合议庭成员存在应回避而未回避的情形。若这种违法行为影响了案件的公正审判，可视为程序严重违法。
违反公开审判规定：
- 依法应公开审判的案件未公开，或在公开审判过程中违反程序规定，限制公众、媒体监督权利。若因此导致司法透明度降低，损害司法公信力，可视为程序严重违法。
剥夺被告人诉讼权利：
- 未保障被告人获得辩护的权利，如未为符合条件的被告人指定法律援助律师；或限制被告人的陈述、辩论权利。若因此导致被告人无法充分表达观点和意见，影响案件公正审判，可视为程序严重违法。
违规采信证据：
- 涂改、隐匿、伪造、偷换和故意损毁证据材料，或向合议庭、审判委员会汇报案情时隐瞒主要证据、重要情节和提供虚假材料。若这些行为导致错误判决，严重损害司法公正，可视为程序严重违法。
违法判决：
- 在制作诉讼文书时故意违背合议庭评议结果、审判委员会决定，或在审理案件时有贪污受贿、徇私舞弊、枉法裁判行为。这些行为严重违反法定程序，损害司法公正和司法公信力，可视为程序严重违法。
超审限结案：
- 未在法律规定审理期限内审结案件，导致案件久拖不决。若因此损害当事人权益，影响司法效率，可视为程序严重违法。
五、其他情形
法定步骤缺省：
- 未遵循或未全部遵循法定程序环节，缺少或省略了一定程序环节。若这种缺省导致案件处理不当，损害当事人合法权益，可视为程序严重违法。
违反法定时限：
- 未在法律规定时限内完成相应诉讼活动。若因此导致案件拖延或当事人权益受损，可视为程序严重违法。
增设程序义务：
- 为当事人增加法定程序以外的义务。若这种增设导致当事人负担加重，影响案件公正处理，可视为程序严重违法。
法定步骤颠倒：
- 虽然经过了所有法定程序环节，但颠倒了程序顺序。若这种颠倒导致案件处理不当或损害当事人合法权益，可视为程序严重违法。
违反法定形式：
- 当法律对行政行为有特别形式要求时，未以该形式作出。若这种违反导致行政行为无效或损害当事人合法权益，可视为程序严重违法。
总结与建议：
公安机关在办理刑事案件中程序严重违法，不仅损害当事人的合法权益，还严重影响司法公正和司法公信力。因此，公安机关及其工作人员必须严格遵守法定程序，确保司法公正和当事人合法权益。同时，当事人及其辩护人、诉讼代理人也应积极行使权利，对程序违法行为提出异议并要求纠正。若您遇到相关问题，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。