结论：建筑企业“未批先建”被处罚后，能否发证需分情况讨论，主要取决于是否符合补办手续的条件及行政机关的裁量权。 以下是具体分析：

1. 法律对“未批先建”的处罚与补办手续的规定
   根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或未按照规划许可证规定建设的，由县级以上城乡规划主管部门责令停止建设；若尚可采取改正措施消除对规划实施影响的，限期改正，处建设工程造价5%-10%的罚款；无法采取改正措施的，限期拆除或没收实物、违法收入，可并处罚款。
   关键点：若项目属于“尚可改正”的情形（如符合规划要求、未侵害公共利益等），企业在缴纳罚款并完成整改后，可依法补办建设工程规划许可证；若属于“无法改正”的情形（如严重违反规划、占用基本农田等），则无法补办证件，可能面临拆除或没收。

2. 补办手续的实践操作与行政机关裁量权
   即使项目符合“可改正”条件，行政机关仍需综合评估：

   • 规划合规性：项目是否符合当地城乡规划或土地利用总体规划；
     
   • 公共利益影响：是否影响交通、消防、环保等公共利益；
     
   • 整改可行性：企业是否能在规定期限内完成整改（如拆除超建部分、调整设计方案等）。
     示例：若企业未批先建的厂房位于工业园区内，且未超出用地红线、符合消防要求，行政机关可能允许补办手续；但若厂房建在生态保护红线内，则即使罚款后也需拆除，无法发证。

3. 其他证件的补办可能性
   除规划许可证外，建筑企业还需关注施工许可证、环境影响评价审批等证件。若“未批先建”涉及未取得施工许可证擅自施工，根据《建筑工程施工许可管理办法》，企业需在处罚后补办施工许可证，但需满足：

   • 已取得建设工程规划许可证；
     
   • 已确定施工企业；
     
   • 有满足施工需要的资金安排、施工图纸及技术资料；
     
   • 有保证工程质量和安全的具体措施。
     若规划许可证无法补办，施工许可证等后续证件亦无法取得。

4. 风险提示与建议

   • 合规风险：未批先建可能导致项目停工、罚款、拆除等后果，企业应优先通过合法途径申请证件，避免“先建后补”；
     
   • 程序合规：若已因未批先建被处罚，需立即停止施工，配合行政机关调查，并尽快委托专业机构评估整改方案；
     
   • 法律救济：若对处罚决定或补办手续要求有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，但需在法定期限内主张权利。

总结：建筑企业未批先建被处罚后，能否发证取决于项目是否符合补办手续的条件（如规划合规性、公共利益影响等）及行政机关的裁量。建议企业优先通过合法途径申请证件，若已面临处罚，需及时整改并咨询专业律师，评估补办证件的可行性及法律风险。如有具体案件或细节需要进一步分析，可直接向我提问。