结论前置：针对您还款逾期四天被扣违约金且已还款的情况，以下从不同角度为您分析并给出建议：
关于违约金扣除的合法性
- 若合同有约定：根据《民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。因此，若您与贷款方签订的合同中明确约定了逾期还款需支付违约金，且违约金的计算方式（如按逾期天数、固定比例等）不违反法律强制性规定（如违约金过高可请求法院或仲裁机构适当减少），则贷款方扣除违约金的行为是合法的。
- 若合同无约定：若合同中未约定逾期还款需支付违约金，贷款方擅自扣除违约金则缺乏法律依据，您有权要求贷款方返还。
已还款后的处理建议
- 确认还款状态：首先，建议您通过贷款方的官方渠道（如APP、网站、客服电话等）确认您的还款是否已成功到账，以及违约金是否已一并扣除。
- 核对账单：仔细核对贷款方提供的账单，确认违约金的具体金额及计算方式是否与合同约定一致。
- 沟通协商：若您认为违约金扣除不合理或存在疑问，可主动与贷款方沟通，要求其提供扣除违约金的合法依据及详细计算过程。若沟通无果，您可考虑通过法律途径维护自身权益。
- 保留证据：在沟通过程中，建议您保留好所有与贷款方的沟通记录（如聊天记录、通话录音等），以及还款凭证、合同等关键证据，以备不时之需。
未来防范措施
- 仔细阅读合同：在签订贷款合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于还款、违约金等关键条款，确保自己完全理解并同意。
- 设置还款提醒：为避免因疏忽导致逾期还款，建议您设置还款提醒（如手机日历提醒、银行自动扣款等），确保按时还款。
- 合理规划财务：根据自身经济状况合理规划贷款金额及还款期限，避免因还款压力过大而影响个人信用及生活质量。
温馨提示：若您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，欢迎随时向我咨询。作为拥有多领域法律实务经验的律师，我将竭诚为您提供专业、全面、有深度的解答。