项目验收确认单在双方有纠纷时，主要可以证明项目已经按照约定的标准或要求完成了验收，以及验收的具体情况和结果。具体分析如下：

一. 项目验收的确认

1. 验收事实的证明：项目验收确认单作为书面文件，最直接地证明了项目已经经过了验收这一环节。它表明了双方或相关方对项目进行了检查、测试，并确认了项目的完成情况。
2. 验收标准的达成：确认单中通常会载明验收的标准或要求，以及项目是否达到这些标准。在纠纷中，这可以作为判断项目是否合格的重要依据。

二. 验收细节和结果的记录

1. 具体验收内容的证明：项目验收确认单会详细列出验收的具体内容，包括但不限于项目的功能、性能、质量、数量等方面。这些细节在纠纷处理中对于明确争议点、划分责任具有重要意义。
2. 验收结果的确认：确认单上会有关于验收结果的明确表述，如“验收合格”、“存在瑕疵需整改”等。这是判断项目是否满足交付要求、是否应支付款项等关键问题的直接依据。

三. 法律效力的体现

1. 作为证据的有效性：在诉讼或仲裁过程中，项目验收确认单作为书面证据，具有较高的证明力。它可以直接反映项目的验收情况和结果，为法院或仲裁机构判断案件事实提供依据。
2. 合同义务的履行证明：如果合同中明确规定了验收作为合同义务的一部分，那么项目验收确认单就是履行该义务的直接证明。在纠纷中，这可以作为判断一方是否违约的重要依据。

我建议，在涉及项目验收的纠纷中，应首先查看并分析项目验收确认单的内容，明确其记载的验收标准和结果。同时，结合合同的其他条款和双方的交易习惯，综合判断项目的完成情况以及双方的责任划分。如有进一步需要，您可以继续咨询我。