结论：建筑面积和层数小于建设工程规划许可证的情况，确实可能面临处罚，具体依据和处罚措施需根据实际情况和相关法律法规进行判断。

分析如下：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，建设单位或者个人应当按照建设工程规划许可证的规定进行建设。如果实际建设的建筑面积或层数小于规划许可证的规定，虽然不直接等同于“未按照建设工程规划许可证的规定进行建设”的典型违法行为（如超建），但这种行为仍然可能违反了规划许可的初衷和规划管理的秩序，具体是否构成违法需结合地方性法规、规章及具体规划要求判断。例如，某些地方性法规可能明确规定了建设单位必须严格按照规划许可证的内容进行建设，任何偏差（包括小于规划）都可能被视为违规。
   • 此外，如果这种偏差导致了土地利用效率低下、城市规划实施受阻等后果，相关部门也可能依据相关法律法规进行处罚或要求整改。

2. 处罚措施：

   • 如果实际建设的建筑面积或层数小于规划许可证的规定，且被认定为违法行为，处罚措施可能包括责令改正、罚款、没收违法所得等。具体处罚措施会根据违法行为的性质、情节以及造成的后果等因素进行综合考量。
   • 例如，如果因为建筑面积或层数不足导致规划目标无法实现，相关部门可能要求建设单位进行补建或采取其他补救措施；如果违法行为情节严重，还可能面临更高额的罚款或其他更严厉的处罚。

3. 实际操作中的考量：

   • 在实际操作中，相关部门在判断是否构成违法行为以及确定处罚措施时，会综合考虑多种因素，如建设单位的意图、实际建设情况与规划许可的偏差程度、对规划实施的影响等。
   • 如果建设单位能够证明其因特殊原因（如地质条件、施工难度等）导致实际建设面积或层数小于规划许可，且已采取合理措施尽量减少偏差，相关部门可能会酌情减轻或免除处罚。

建议：

• 建设单位在申请建设工程规划许可证时，应仔细核对规划要求，确保实际建设能够严格按照规划进行。
• 如果在实际建设过程中遇到特殊情况导致无法完全按照规划进行，应及时与相关部门沟通并申请变更规划许可，以避免不必要的法律风险。
• 如果已经面临处罚或认为处罚不当，建设单位可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。

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