行政机关合同的管理主要归属于行政机关内部的合同管理机构及相关部门，具体管理依据行政机关合同管理办法进行。以下是对这一问题的详细解答：
一、行政机关合同的管理机构与职责
管理机构设置：
- 行政机关通常会明确指定负责合同管理的牵头部门，如法制机构，同时涉及业务部门和财务部门等相关部门共同参与合同管理。
职责分工：
- 法制机构：负责对合同进行合法性审查，确保合同的主体、内容、程序等方面均符合法律规定，出具审查意见。
- 业务部门：负责合同的前期调研、起草、谈判、履行及档案管理等具体工作，跟踪合同履行情况，及时处理出现的问题。
- 财务部门：负责合同涉及的资金支付和管理等相关事宜，确保合同资金的安全和合规使用。
二、行政机关合同管理办法的主要内容
行政机关合同管理办法是规范行政机关合同管理行为的重要依据，其内容通常包括以下几个方面：
总则：
- 明确制定合同管理办法的目的、依据、适用范围及基本原则，如合法性、公平性和诚信原则。
合同的订立：
- 规定合同订立前的调查评估、合同形式与内容、合同审查及授权与签字等程序，确保合同订立的合法性和有效性。
合同的履行：
- 确立合同履行的原则和管理机制，包括履行原则、履行管理及纠纷处理等方面，确保合同得到正确执行。
合同的监督管理：
- 建立备案制度、定期检查及档案管理等监督机制，对合同履行情况进行跟踪和检查，确保合同管理的规范性和有效性。
法律责任：
- 明确行政机关及其工作人员在合同管理中的法律责任，对违反合同管理办法的行为依法追究责任，同时规定合同相对人违约时应承担的法律责任。
三、行政机关合同管理的实际应用
在实际应用中，行政机关合同管理需要遵循以下原则：
合法性原则：
- 合同内容和签订程序必须符合法律法规的规定，确保合同的合法性和有效性。
公平性原则：
- 合同双方应平等自愿地协商合同条款，保障双方的合法权益。
诚信原则：
- 合同双方应诚实信用地履行合同义务，确保合同目的的实现。
四、具体案例说明
以政府采购合同为例，政府作为采购主体，在签订采购合同时，需要遵循政府采购法律法规的规定，通过公开招标、邀请招标等方式选择供应商，并签订书面采购合同。合同中应明确采购物品的名称、规格、数量、价格、交货期限等主要条款，并约定违约责任和纠纷解决方式。在合同履行过程中，政府采购部门应跟踪合同履行情况，确保供应商按时按质交付采购物品，并及时支付合同款项。
五、建议与提示
加强合同管理培训：
- 行政机关应加强对合同管理人员的培训和教育，提高其专业素养和业务能力，确保合同管理工作的顺利进行。
完善合同管理制度：
- 行政机关应不断完善合同管理制度，明确管理机构与职责、规范合同的订立与履行、加强监督管理及明确法律责任等方面，确保合同管理的合法性、有效性和规范性。
及时咨询法律专业人士：
- 在合同管理过程中遇到复杂或疑难问题时，行政机关应及时咨询法律专业人士的意见和建议，以确保合同管理的合法性和有效性。
如有任何关于行政机关合同管理的疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。