在民事案件中，如果发现当事人存在行政违法行为，处理流程是清晰且有序的。以下是对这一问题的详细解答：
一、识别与区分民事纠纷与行政违法行为
首先，我们需要明确民事纠纷与行政违法行为的本质区别。民事纠纷主要涉及平等主体之间的财产关系和人身关系争议，比如合同纠纷、侵权责任纠纷等。而行政违法行为则是指违反行政管理秩序的行为，例如未办理相关登记备案、无照经营、销售假冒伪劣商品等。在民事案件审理过程中，法院会首先识别并区分这两种性质不同的争议。
二、法院的处理原则
独立处理原则：
- 民事案件和行政违法行为应当分别处理。法院在审理民事案件时，主要关注的是民事权利义务的争议，并据此作出裁决。它不会直接在民事判决中处理行政违法行为。
告知与移送：
- 如果法院在审理过程中发现当事人存在行政违法行为，它会将有关线索和材料移送至具有管辖权的行政机关，并出具移送函详细说明情况。同时，法院会及时告知当事人相关情况，确保当事人了解自己的权利和义务。
不直接作出行政处罚：
- 法院不具有对行政违法行为进行实质性处罚的权力。它的职责是对民事权利义务关系进行判定和处理，而不是对行政违法行为进行处罚。
一般不中止民事案件审理：
- 发现行政违法行为并不必然导致民事案件的中止审理。除非该行为对民事案件的关键事实认定具有决定性作用，否则法院会继续审理民事案件，确保民事纠纷得到及时解决。
三、行政机关的后续处理
立案调查：
- 行政机关在收到法院移送的线索或材料后，会对该行政违法行为进行立案，并依据自身的执法程序展开全面调查，收集相关证据。
作出处罚决定：
- 经过调查取证，如果认定当事人确实存在行政违法行为，行政机关将根据违法情节、危害后果等，依据相关法律法规作出相应的行政处罚决定，如警告、罚款、没收违法所得、吊销许可证等。
告知当事人权利：
- 在作出行政处罚决定前，行政机关会按照法定程序告知当事人拟作出的行政处罚内容及事实、理由、依据，并保障当事人的陈述、申辩、要求听证等权利。
四、对民事案件的影响
可能影响民事责任认定：
- 当事人的行政违法行为有时可能与民事纠纷存在关联，进而影响民事责任的认定。例如，在交通事故引发的民事侵权赔偿纠纷中，超速驾驶等行政违法行为可作为认定过错的重要证据。
调整民事裁判：
- 如果行政机关的处理结果对民事案件的审理产生影响，法院可以根据实际情况进行调整或作出相应裁判。这确保了民事案件的审理既考虑了民事法律关系，也兼顾了行政法律关系的处理结果。
综上所述，民事案件中对当事人行政违法行为的处理是一个涉及多个法律主体和法律程序的复杂过程。它要求法院和行政机关各自履行职责，相互协作，确保法律适用的准确性和责任承担的合理性，同时也维护了当事人的合法权益。