行政公益诉讼与民事公益诉讼在多个方面存在显著区别，且在适用选择上需根据具体案件情况和法律规定来决定。以下是对两者的详细比较及适用选择的建议：
一、定义与目的
民事公益诉讼：
- 定义：由法律规定的机关和有关组织，针对损害社会公共利益的行为提起的诉讼。
- 目的：保护社会公共利益，维护社会公序良俗，防止因私人行为对社会公共利益造成损害。
行政公益诉讼：
- 定义：检察院、公民及社会组织认为行政主体行使职权的行为违法，侵害了公共利益或有侵害之虞时，虽与自己无直接利害关系，但为维护公益，而向特定机关提出起诉请求，并由特定机关依法向人民法院提起的行政诉讼。
- 目的：监督行政机关依法行政，保护国家和社会公共利益免受行政行为的侵害。
二、被告与诉讼对象
民事公益诉讼：
- 被告：通常是具有民事行为能力的公民、法人或其他组织。
- 诉讼对象：主要是污染环境、侵害众多消费者合法权益等损害社会公共利益的行为。
行政公益诉讼：
- 被告：是生态环境和资源保护、食品药品安全、国有财产保护、国有土地使用权出让等领域负有监督管理职责的行政机关。
- 诉讼对象：是行政主体的违法行为或不作为，这些行为可能或已经损害了国家利益或社会公共利益。
三、提起诉讼的主体
民事公益诉讼：
- 提起诉讼的主体：法律规定的机关（如人民检察院）和有关组织（如环保组织、消费者权益保护组织等）。
行政公益诉讼：
- 提起诉讼的主体：主要是人民检察院。在履行职责中发现生态环境和资源保护、食品药品安全、国有财产保护、国有土地使用权出让等领域负有监督管理职责的行政机关违法行使职权或者不作为，致使国家利益或者社会公共利益受到侵害的，应当向行政机关提出检察建议，督促其依法履行职责。行政机关不依法履行职责的，人民检察院依法向人民法院提起诉讼。
四、诉前程序
民事公益诉讼：
- 诉前程序：法律规定的机关和有关组织提起诉讼前，通常需要先进行公告，催促适格主体提起诉讼，只有在没有其他适格主体提起诉讼的情况下，才能向法院起诉。
行政公益诉讼：
- 诉前程序：人民检察院在提起诉讼前，必须先向行政机关提出检察建议，这是必经程序。行政机关应当在收到检察建议书之日起2个月内依法履行职责，并书面回复人民检察院。出现国家利益或者社会公共利益损害继续扩大等紧急情形的，行政机关应当在15日内书面回复。行政机关不依法履行职责的，人民检察院依法向人民法院提起诉讼。
五、诉讼请求与判决类型
民事公益诉讼：
- 诉讼请求：原告可以提出停止侵害、排除妨碍、消除危险、恢复原状、赔偿损失等诉讼请求。
- 判决类型：法院根据原告的诉讼请求和案件事实，作出相应的判决，如判令被告停止侵害行为、赔偿损失等。
行政公益诉讼：
- 诉讼请求：人民检察院可以向人民法院提出撤销或部分撤销违法行政行为、在一定期限内履行法定职责、确认行政行为违法或无效等诉讼请求。
- 判决类型：法院根据人民检察院的诉讼请求和案件事实，作出相应的判决，如撤销违法的行政行为、责令行政机关履行法定职责等。
六、适用选择建议
当损害社会公共利益的行为是由公民、法人或其他组织实施，且不涉及行政机关的违法行为或不作为时，应选择民事公益诉讼。例如，某企业违规排放污水导致水资源污染，损害了公共利益，此时可由环保组织或人民检察院提起民事公益诉讼。
当损害社会公共利益的行为是由行政机关的违法行为或不作为导致时，应选择行政公益诉讼。例如，某行政机关对存在严重安全隐患的食品生产企业未进行有效监管，导致不符合标准的食品流入市场，损害了公共利益，此时可由人民检察院提起行政公益诉讼。
在实际操作中，还需考虑案件的具体情况、证据收集的难易程度、诉讼成本等因素。例如，如果民事公益诉讼中的被告已经具备了一定的赔偿能力，且诉讼成本相对较低，那么选择民事公益诉讼可能更为合适；而如果行政公益诉讼中的行政机关违法行为较为严重，且涉及多个领域的公共利益，那么选择行政公益诉讼可能更为有效。
综上所述，行政公益诉讼与民事公益诉讼在定义、目的、被告与诉讼对象、提起诉讼的主体、诉前程序、诉讼请求与判决类型等方面均存在显著差异。在适用选择上，需根据具体案件情况和法律规定来决定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。