招标代理机构是可以按项目签订协议的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

法律背景与依据

在招标投标活动中，招标代理机构作为专业的服务机构，经常根据招标人的委托，负责招标项目的具体组织和实施工作。这种委托关系通常通过签订招标代理协议来明确双方的权利和义务。法律并未禁止招标代理机构按项目签订协议，反而，这种做法在实践中非常普遍，因为它能够清晰地界定每个具体项目的代理范围、代理期限、代理费用等关键条款，有利于双方的合作和项目的顺利进行。

协议内容与要点

当招标代理机构按项目签订协议时，协议内容通常应包括但不限于以下几个方面：

1. 项目概况：明确招标项目的名称、地点、规模、招标范围等基本信息。
2. 代理范围：详细描述招标代理机构在项目中的具体职责和权限，如编制招标文件、组织开标评标、协助签订合同等。
3. 代理期限：规定招标代理机构完成代理任务的时间范围，确保项目按时推进。
4. 代理费用：明确代理费用的计算方式、支付时间和支付方式，避免后续纠纷。
5. 双方权利与义务：详细列出招标人和招标代理机构在项目中的各自权利和义务，确保双方权益得到保障。
6. 违约责任：规定如果一方违反协议约定，应承担的违约责任和赔偿方式。

实际操作与注意事项

在实际操作中，招标代理机构按项目签订协议时，还需要注意以下几点：

1. 协议合法性：确保协议内容符合相关法律法规的规定，不违反强制性条款。
2. 协议明确性：协议条款应尽可能明确具体，避免模糊不清或产生歧义。
3. 协议履行监督：双方应建立有效的监督机制，确保协议得到切实履行。
4. 争议解决机制：在协议中约定争议解决的方式和途径，如协商、调解、仲裁或诉讼等，以便在发生争议时能够及时解决。

可能的法律后果

如果招标代理机构未按项目签订协议，或者协议内容存在违法违规之处，可能会面临以下法律后果：

1. 协议无效：如果协议内容违反法律法规的强制性规定，可能会被认定为无效协议。
2. 行政处罚：如果招标代理机构在代理过程中存在违法行为，可能会受到相关行政部门的处罚。
3. 民事赔偿：如果因招标代理机构的过错导致招标人或其他相关方遭受损失，招标代理机构可能需要承担民事赔偿责任。

综上所述，招标代理机构按项目签订协议是合法且常见的做法。在实际操作中，双方应确保协议内容合法、明确，并建立有效的监督机制和争议解决机制。如果您在招标代理协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。