保险合同中约定医疗费第三方赔偿扣减的条款，在符合法律规定且不违背公序良俗的情况下，通常是有效的。以下从不同角度进行分析：

1. 合同自由原则角度
   根据《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同受法律保护，对当事人具有法律约束力。保险合同作为民事合同的一种，双方当事人有权在合同中约定权利义务关系。若保险合同明确约定“被保险人已从第三方获得医疗费赔偿的，保险人仅对超出部分承担赔偿责任”，该条款属于双方真实意思表示，不违反法律强制性规定，原则上应认定为有效。例如，在车险医疗费用赔偿中，若被保险人已通过交通事故责任方获得医疗费补偿，保险公司可依据合同约定扣减相应金额。

2. 损失补偿原则角度
   保险法中的损失补偿原则要求被保险人不得通过保险获得超出实际损失的利益。医疗费用保险属于补偿性保险，其目的在于填补被保险人因医疗支出产生的实际损失。若被保险人已通过第三方（如侵权人、工伤保险等）获得全额赔偿，再要求保险公司重复赔偿，则违背了损失补偿原则。因此，合同中约定第三方赔偿扣减条款，符合保险法的基本原理。

3. 格式条款效力角度
   若保险合同中的扣减条款属于格式条款（即保险公司预先拟定、未与投保人协商的条款），需符合《民法典》第四百九十六条至第四百九十八条的规定。具体而言：

   • 保险公司需履行提示说明义务，即以显著方式提示投保人注意该条款，并对其内容作出明确说明；
     
   • 条款内容不得存在免除保险公司责任、加重投保人责任或排除投保人主要权利的情形；
     
   • 若条款存在歧义，应作出不利于提供格式条款一方的解释。
     若保险公司未履行提示说明义务，或条款存在不公平、不合理情形，该条款可能被认定为无效。

4. 例外情形

   • 定额给付型保险：若保险合同属于定额给付型（如重大疾病保险、住院津贴保险），其赔偿金额与实际医疗费用无关，而是根据合同约定的保险金额或津贴标准支付。此类保险不适用损失补偿原则，因此第三方赔偿通常不影响保险公司赔付。
     
   • 法律强制性规定：若法律明确规定某些情况下保险公司不得扣减第三方赔偿（如工伤保险与商业保险的衔接问题），则合同条款需服从法律规定。

建议：

• 投保时仔细阅读保险合同条款，重点关注医疗费用赔偿的约定；
  
• 若对条款内容有疑问，可要求保险公司对扣减规则进行书面说明；
  
• 发生理赔纠纷时，结合合同约定、保险类型及法律规定综合主张权利。
  

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