核心结论：质保金退还时若防水保修期尚未到期，通常可采取协商暂扣部分质保金、明确保修责任承担方式或通过法律途径解决争议等措施，具体如下：

1. 协商暂扣部分质保金

   • 原理依据：质保金的主要作用是确保承包人在保修期内对工程出现的质量问题进行及时维修。当整体质保金退还时间到来，但防水等部分分项工程的保修期还未届满时，从保障工程质量和发包人权益的角度出发，双方可以协商暂扣与防水工程维修可能产生费用相当的部分质保金。例如，若整个工程质保金为合同总价的5%，其中防水工程占比约为1%，经双方评估防水工程在剩余保修期内可能产生的维修费用为合同总价的0.5%，那么可以协商暂扣这0.5%的质保金，待防水保修期届满且无质量问题后再全额退还。
   • 操作方式：双方应签订书面协议，明确暂扣质保金的金额、暂扣期限（即防水保修期剩余期限）、退还条件（如保修期内无质量问题或已妥善解决所有质量问题）等内容，以避免后续产生纠纷。

2. 明确保修责任承担方式

   • 原理依据：即使质保金退还，承包人仍需按照合同约定承担保修责任。因此，双方可以在质保金退还时，就防水保修期内可能出现的质量问题维修责任承担方式进行明确约定。比如约定若在防水保修期内出现质量问题，承包人应在接到发包人通知后的规定时间内到场维修，若承包人未按时维修，发包人有权自行安排维修，维修费用从原暂扣的质保金中扣除，若质保金不足，承包人应在接到通知后的规定时间内补足。
   • 操作方式：将上述责任承担方式以补充协议的形式固定下来，详细规定维修通知的发送方式（如书面通知、电子邮件等）、维修期限、维修费用计算标准等内容，确保双方权利义务清晰明确。

3. 通过法律途径解决争议

   • 原理依据：如果双方在质保金退还与防水保修期问题上无法达成一致意见，且协商、调解等方式均无法解决争议，那么任何一方都可以依据合同中的仲裁条款或事后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁，或者在没有仲裁条款和仲裁协议的情况下向有管辖权的人民法院提起诉讼。仲裁或诉讼过程中，法院或仲裁机构会根据合同约定、相关法律法规以及实际情况，对质保金是否应退还、退还金额、防水保修责任承担等问题作出公正的裁决。
   • 操作方式：选择仲裁的，需按照仲裁机构的规定提交仲裁申请书、相关证据材料等；选择诉讼的，需向有管辖权的法院提交起诉状、证据材料等，并按照法院的诉讼程序参与诉讼活动。

温馨提示：在实际操作中，为了避免此类问题的发生，建议在签订工程合同时，对不同分项工程的保修期、质保金的退还时间与方式等条款进行详细、明确的约定，充分考虑各种可能出现的情况，以减少后续的纠纷和风险。如果您在处理此类问题时遇到任何法律疑问，欢迎随时向我咨询。