针对您提出的“公司员工违规存档案怎么办”的问题，这确实是一个需要严肃对待的问题，因为档案管理不仅关乎公司运营的规范性，还涉及到法律法规的遵守。以下是我根据相关法律法规和规定，为您提供的详细解答：

一、明确违规存档的定义与后果

首先，我们需要明确什么是违规存档。违规存档通常指的是员工在档案管理过程中，违反公司规定或国家法律法规，如私自保存、篡改、泄露或不当处理档案等行为。这些行为不仅可能导致档案信息的失真或丢失，还可能对公司和员工个人造成严重的法律后果。

根据《档案管理违法违纪行为处分规定》，对于档案管理中的违法违纪行为，有关责任人员将视情节轻重分别受到警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等处分。因此，公司必须高度重视档案管理，确保档案的完整、真实、安全和有效利用。

二、违规存档的处理流程

1. 发现违规行为：

   • 公司应建立健全的档案管理制度，明确档案管理的职责和流程。
   • 定期对档案进行检查和审计，及时发现潜在的违规行为。
   • 鼓励员工举报违规行为，设立举报渠道并保护举报人的隐私。

2. 调查核实：

   • 一旦发现违规行为，公司应立即成立调查小组，对违规行为进行调查核实。
   • 调查过程中应确保公正、客观，收集充分的证据。
   • 调查结果应形成书面报告，明确违规行为的性质、情节和后果。

3. 处理决定：

   • 根据调查结果，公司应依据相关法律法规和公司规定，对违规员工做出相应的处理决定。
   • 处理决定应明确、具体，包括处分类型、期限和影响等。
   • 处理决定应书面通知违规员工，并告知其申诉权利。

4. 执行与监督：

   • 公司应确保处理决定的执行到位，对违规员工进行相应的处分。
   • 同时，公司应加强对档案管理的监督，防止类似违规行为再次发生。
   • 定期对档案管理进行复查和评估，确保档案管理的规范性和有效性。

三、预防违规存档的措施

1. 加强培训：

   • 定期对员工进行档案管理培训，提高员工的档案意识和法律意识。
   • 培训内容应包括档案管理的法律法规、公司规定和操作流程等。

2. 完善制度：

   • 建立健全的档案管理制度，明确档案管理的职责、流程和标准。
   • 制定档案管理的应急预案，应对可能出现的档案丢失、损坏等突发情况。

3. 强化监督：

   • 设立专门的档案管理监督岗位或部门，对档案管理进行日常监督和检查。
   • 鼓励员工参与档案管理监督，形成全员参与的档案管理氛围。

4. 利用技术手段：

   • 采用先进的档案管理软件或系统，实现档案的电子化、数字化管理。
   • 利用技术手段对档案进行加密、备份和恢复等操作，确保档案的安全性和完整性。

四、法律责任与后果

如果员工违规存档行为严重违反了国家法律法规或公司规定，公司除了给予相应的处分外，还应考虑是否涉及法律责任。根据《中华人民共和国档案法》和《档案管理违法违纪行为处分规定》等相关法律法规，违规存档行为可能面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任等后果。因此，公司必须高度重视档案管理，确保档案的合法合规处理。

综上所述，对于公司员工违规存档案的问题，公司应建立健全的档案管理制度和监督机制，加强员工培训和法律意识教育，采取有效的预防措施和技术手段确保档案的安全性和完整性。一旦发现违规行为，应立即进行调查核实并做出相应的处理决定，以维护公司的正常运营和员工的合法权益。